Jak poinformował dyrektor Zamku Królewskiego na Wawelu Jan Ostrowski, w nowych salach eksponowane są przede wszystkim fragmenty kamienne, które w minionych wiekach stanowiły części zamku i katedry. Fragmenty odkryto dzięki wykopaliskom prowadzonym na wzgórzu wawelskim w ostatnich latach. Część prezentowanych zabytków pochodzi z magazynów zamku na Wawelu. Oprócz eksponatów renesansowych, w nowych pomieszczeniach jest jedno okno późnogotyckie złożone z kilkunastu fragmentów. To, czego nie dało się odbudować, zwiedzający zobaczą na rysunkach inwentaryzacyjnych pochodzących z XIX/XX w. W lapidarium na Wawelu znajdują się teraz cztery sale wystawowe (nowa jest sala II, III i IV) oraz korytarz między IV a II salą. Sala I istniała w dotychczasowej ekspozycji. Są w niej detale architektoniczne związane z dziedzińcem arkadowym Zamku Królewskiego. W nowej aranżacji odtworzono, przy użyciu oryginalnych elementów z zasobów zamku, układ kolumny II piętra galerii krużgankowej. W sali II eksponowane są detale architektoniczne pochodzące z wystroju pałacu królewskiego oraz detale odnalezione w czasie prac archeologicznych na dolnym tarasie ogrodów królewskich. W obrębie gliftu okiennego, na tle ekranu z rysunkowym komentarzem, znalazł się zespół złożony z pilastra i głowicy - pierwotnie fragment obramienia okiennego elewacji wschodniej skrzydła zachodniego. Na jednej ze ścian umieszczono m.in. fragmenty pilastrów i gzymsy ukazujące motywy ornamentacyjne. Zabytki związane z katedrą wawelską można obejrzeć w sali III. Wśród nich są fragmenty renesansowej nastawy ołtarzowej z 1521 r., tympanon z nagrobka biskupa krakowskiego Piotra Tylickiego oraz marmurowa figura św. Antoniego Opata z 1558 r. IV sala mieści gipsowe odlewy dekoracji Kaplicy Zygmuntowskiej. Najstarsze odlewy powstały w latach 1868-1874, w oparciu o formy zdjęte prawdopodobnie przez krakowskiego rzeźbiarza Parysa Filippiego. Kopie wykonały uczennice Kursów dla Kobiet przy Muzeum Techniczno-Przemysłowym w Krakowie. Zilustrowano je w "Albumie ozdób z kaplicy Zygmuntowskiej" wydanym w 1878 r. Korytarz łączący salę IV z II pełni funkcję estetyczną, ale ma też opowiadać o losach kamiennych fragmentów. Ściana pomieszczenia została wykonana przy wtórnym użyciu dużej ilości kamiennych detali architektonicznych (m.in. fragmentów kamiennej dekoracji Kaplicy Zygmuntowskiej). - Myślę, że w każdej sali toczy się jakaś opowieść, a każdy z obiektów stanowi odrębny wspaniały obiekt do podziwiania - powiedziała kustosz wystawy Beata Kwiatkowska-Kopka. Wawelskie lapidarium jest kolekcją muzealną i znaczącą częścią ekspozycji "Wawel Zaginiony". W ramach pierwszej aranżacji zaprojektowanej przez artystę plastyka Adama Młodzianowskiego prezentowana była w jednej z sal wystawowych tylko niewielka część detali. Do wystawy "Wawel Zaginiony" należy także rezerwat archeologiczno-architektoniczny wokół rotundy śś. Feliksa i Adaukta. Zwiedzając go mogą zobaczyć m.in. fragmenty czteroabsydowej rotundy śś. Feliksa i Adaukta - Najświętszej Marii Panny. Powstanie świątyni datuje się na okres od IX w. po rok 1000. Pierwotnie była to prawdopodobnie kaplica rezydencji książęcej. Ponadto niedaleko lapidarium znajduje się tzw. sala kafli - krakowianie i turyści zobaczą w niej zbiór XVI- i XVII-wiecznych kafli znajdujących się na piecach w komnatach królewskich. Uzupełnieniem wystawy jest prezentacja multimedialna pokazująca wybrane obiekty z okresu wczesnoromańskiego i romańskiego.