Oskarżonymi są dwie osoby: sprawujący wówczas funkcję inwestora tej budowy komunalnej - ówczesny dyrektor Zarządu Dróg i Komunikacji Jan T. oraz ówczesna powiatowa inspektor nadzoru budowlanego Stanisława G. Zdaniem prokuratury, Jan T. nie dopełnił swoich obowiązków i nie wystąpił o zmianę pozwolenia na budowę, mimo że w toku prac znacznie poszerzono ich zakres. Dopuścił w ten sposób do znacznych odstępstw od projektu. Inspektor nadzoru budowlanego natomiast zaniechała m.in. wpisania kontroli do dziennika budowy, nie sprawdziła uprawnień inspektora nadzoru budowlanego i nie doprowadziła do wszczęcia postępowania w sprawie odpowiedzialności zawodowej wobec inspektora w związku ze znacznymi odstępstwami od projektu. W toku śledztwa Jan T. odmówił złożenia wyjaśnień, Stanisława G. nie przyznała się do winy. Jan T. odpowiada już w dwóch procesach, toczących się przed krakowskimi sądami, za korupcję, lobbing, niedopełnienie obowiązków. Stanisława G. jest jedną z oskarżonych w procesie o nielegalną nadbudowę zabytkowej kamienicy przy ul. Szerokiej 12 w Krakowie. Zawiadomienie o możliwości popełnienia przestępstwa podczas remontu płyty Rynku Głównego złożyli w 2006 r. do prokuratury małopolski wojewódzki inspektor nadzoru budowlanego Janusz Żbik oraz wicewojewoda małopolski Andrzej Mucha. Jak wyjaśniał Żbik, szczegółowa kontrola prac budowlanych na Rynku Głównym ujawniła szereg nieprawidłowości, m.in. roboty budowlane w głębokich wykopach były prowadzone w sposób narażający zdrowie i życie, zarówno robotników je wykonujących, jak i przechodniów. Ponadto kubatura wykonanych robót jest o kilkanaście tysięcy metrów sześciennych większa, niż przewidywało pozwolenie na budowę uzyskane przez inwestora w grudniu 2004 roku. Remont Rynku ruszył w 2005 roku r. Przeciwko szerokiemu zakresowi prac w podziemiach protestowało m.in. Stowarzyszenia Historyków Sztuki i grupa kilkudziesięciu intelektualistów. Prace były też przedmiotem obrad nadzwyczajnej sesji rady miasta. Jak zapowiadają władze Krakowa, podziemna ekspozycja pod Rynkiem Głównym "Śladami europejskiej tożsamości Krakowa" zostanie otwarta na początku września. Scenariusz wystawy przygotowało Muzeum Historyczne Miasta Krakowa, które będzie tzw. operatorem trasy. Krakowscy historycy chcą pokazać na wystawie, że do XVI w. Kraków był jednym z najważniejszych centrów handlowych, gospodarczych, finansowych i kulturalnych ówczesnego świata. W trakcie wykopalisk archeolodzy przebadali 8 proc. powierzchni Rynku. Odnaleźli 5 tys. przedmiotów, nie licząc fragmentów. Na wystawie chcą pokazać 700 najciekawszych. Podczas eksploracji cmentarzyska natrafili też na ponad 200 szkieletów. Trzy z nich zostaną wyeksponowane w podziemiach. Będą też rekonstrukcje, makiety architektoniczne, wizualizacje cyfrowe i filmy. Jednym z najbardziej widowiskowych efektów ma być przejście zwiedzających przez ekran z pary wodnej, na którym będą wyświetlane filmy, m.in. z postaciami średniowiecznych kupców zachwalających towary. Turyści zobaczą oryginalne drewniane drogi i wapienne bruki oraz relikty i rekonstrukcje dawnej miejskiej infrastruktury. W podziemiach będzie też działać: kawiarnia, mała księgarnia i dwa sklepy z pamiątkami. Przeprowadzone już badania archeologiczne pod Rynkiem i roboty budowane przy podziemiach oraz trwająca właśnie aranżacja wystawy pochłoną w sumie ok. 45 mln zł.