Sąd po dwuletnim procesie nie podzielił finansowych argumentów Pamuły. Przyznał mu 98 tys. odszkodowania i 40 tys. zadośćuczynienia. - Wyrok nie jest prawomocny - poinformowano w czwartek w sądzie. - Wyrok mnie satysfakcjonuje, ponieważ potwierdza, że byłem ofiarą organów ścigania i wymiaru sprawiedliwości. Jednak zasądzona kwota mnie nie satysfakcjonuje. Przecież po takich zarzutach nie mogłem wrócić do Banku Przemysłowo-Handlowego, gdzie byłem pierwszym zastępcą prezesa, a po tygodniu miałem zostać prezesem, i gdzie otwierała się przede mną kariera - powiedział Jan Pamuła. Straciłem kilkanaście milionów pensji Jak stwierdził, zaskoczyła go też argumentacja sądu, że po wyjściu z aresztu założył działalność gospodarczą i dobrze zarabiał. - Co ma jedno z drugim wspólnego? Miałem przed telewizorem płakać? Ewidentnie udowodniłem w dokumentach, że straciłem kilkanaście milionów pensji - powiedział, podkreślając, że w tym zakresie będzie odwoływać się od wyroku. W 1997 roku Jan Pamuła, były poseł Unii Wolności, były prezes Izby Rzemieślniczej w Krakowie i były wiceprzewodniczący krakowskiej UW, został oskarżony o dwukrotne przyjęcie korzyści majątkowej w latach 1990 i 1994 w wysokości 1,5 tys. dolarów i 2 tys. zł od osób zainteresowanych decyzjami lokalowymi. Zeznania świadków to ukartowana zemsta Oskarżony twierdził, że obciążające go zeznania świadków traktuje jako ukartowaną zemstę. - To pomówienie w celu usunięcia mnie ze stanowiska pierwszego zastępcy prezesa zarządu Banku Przemysłowo-Handlowego i zemsta paru osób ze środowiska rzemieślniczego - wyjaśniał. Akt oskarżenia trafił do sądu, ale na skutek zażalenia obrońców sprawa wróciła do prokuratury. Decyzją ówczesnej minister sprawiedliwości Hanny Suchockiej została przekazana do prowadzenia prokuraturze w Katowicach. Ponowny akt oskarżenia, sporządzony przez Prokuraturę Okręgową w Katowicach, wpłynął do krakowskiego sądu pod koniec 2003 roku. Zarzuty w nim stawiane nie zmieniły się. Oskarżony nie był funkcjonariuszem publicznym Obrońcy wnosili o umorzenie sprawy, argumentując, że oskarżony nie był funkcjonariuszem publicznym, jak zarzuca mu akt oskarżenia. Sąd nie zgodził się z tą argumentacją. Po trwającym dwa lata procesie, w kwietniu 2006 roku sprawę korupcji i płatnej protekcji umorzył z powodu przedawnienia. Na skutek odwołania obrony, która domagała się uniewinnienia, i prokuratury, która sprzeciwiała się umorzeniu, sąd odwoławczy uznał, że sprawa jednego z zarzutów - dotyczącego płatnej protekcji - nie przedawniła się. Wyrok w tym zakresie uchylił i sprawę skierował do ponownego rozpoznania. W 2007 roku sąd pierwszej instancji uniewinnił Jana Pamułę od tego zarzutu. Wyrok ten w listopadzie 2008 roku utrzymał sąd odwoławczy. Wygrał konkurs na prezesa Portu Lotniczego W maju 2008 Jan Pamuła wygrał konkurs na prezesa Międzynarodowego Portu Lotniczego Kraków-Balice. Stanowisko to objął z końcem czerwca 2008 roku. Pełni je do dziś. W roku 2009 do sądu wpłynął wniosek Jana Pamuły o odszkodowanie i zadośćuczynienie w łącznej kwocie 16 mln zł (15 mln odszkodowanie, 1 mln zadośćuczynienie). Ostatecznie w wyroku zasądził nieco ponad 98 tys. zł odszkodowania i 40 tys. zł zadośćuczynienia za poniesione straty moralne. Dalej idące żądania oddalił.