Krypty królewskie uporządkowano i urządzono dla zwiedzających w latach 1872 - 1875. Otwiera je krypta św. Leonarda, która jest jednym z najcenniejszych zabytków romańskich w Polsce. Pochodzi z ok. 1090-1118 roku. Jest ona pozostałością po Katedrze Hermanowskiej, drugiej z kolei świątyni na Wzgórzu Wawelskim. Powstała przed rokiem 1118, kiedy pochowano w niej biskupa Maura. Wnętrze jest podzielone na trzy nawy, oddzielone ośmioma kolumnami, które podtrzymują krzyżowe sklepienie. W końcu XVIII w. krypta została zaadaptowana na groby królewskie. W setną rocznicę odsieczy wiedeńskiej w 1783 r., z polecenia króla Stanisława Augusta, wykonano marmurowy sarkofag Jana III Sobieskiego, który wstawiono do krypty. W 1817 r. spoczęły w tym miejscu szczątki księcia Józefa Poniatowskiego, a niespełna rok później przywódcy Insurekcji - Tadeusza Kościuszki. W krypcie św. Leonarda pochowani są także: żona Jana III Sobieskiego Maria Kazimiera i Michał Korybut Wiśniowiecki. W 1935 r. złożono tam trumnę z ciałem marszałka Józefa Piłsudskiego, która po dwóch latach - decyzją arcybiskupa krakowskiego Adama Sapiehy, wbrew woli władz państwowych - została przeniesiona do krypty pod wieżą Srebrnych Dzwonów. Konflikt zwany wawelskim zakończył się po posiedzeniu Sejmu, na którym oświadczono, że arcybiskup krakowski przeprosił prezydenta Ignacego Mościckiego. W 1981 roku w krypcie św. Leonarda stanął sarkofag gen. Władysława Sikorskiego. Do sprowadzenia prochów generała doszło jednak dopiero 17 września 1993. Dalej znajduje się krypta z sarkofagiem króla Stefana Batorego, krypta rodziny Władysława IV, krypta Zygmuntowska, krypta Wazów. Opuszczając ją mija się umieszczoną w ścianie urnę z ziemią z Katynia oraz pamiątkową tablicę wmurowaną w 1990 r. z okazji 50. rocznicy zbrodni katyńskiej. Jako ostatnia przed wyjściem znajduje się krypta Srebrnych Dzwonów z trumną marszałka Piłsudskiego. Gotycka katedra wawelska pod wezwaniem świętych Stanisława i Wacława, trzecia z kolei na tym miejscu, została wzniesiona w latach 1320-1364. Konsekrował ją arcybiskup gnieźnieński Jarosław Bogoria Skotnicki. Świątynia jest budowlą bazylikową, trójnawową, z trzema wieżami (Zygmuntowską, Zegarową i Srebrnych Dzwonów) oraz transeptem (nawa poprzeczna przecinająca nawę główną w kościele zbudowanym na planie krzyża) i ambitem (przedłużenie naw bocznych okalających prezbiterium). W trakcie budowy i później otoczono ją wieńcem kaplic, przebudowywanych w ciągu następnych stuleci. Kilkakrotnie katedrę grabiły wojska nieprzyjacielskie, m.in. Szwedzi w latach 1655-1657 i w roku 1702 oraz hitlerowcy podczas II wojny światowej. Od koronacji króla Władysława Łokietka w 1320 roku na Wawelu koronowali się niemal wszyscy polscy królowie, z wyjątkiem Stanisława Leszczyńskiego i Stanisława Augusta Poniatowskiego. "Duchowym sercem" katedry na Wawelu jest konfesja św. Stanisława (grobowiec z relikwiami męczennika znajdujący się wewnątrz kościoła), nazywana także Ołtarzem Ojczyzny i uważana za miejsce święte dla każdego Polaka. Św. Stanisław ze Szczepanowa był biskupem krakowskim. Zginął w 1079 roku, zabity w wyniku zatargu z królem Bolesławem II Śmiałym. W 1253 roku został kanonizowany. Jego kult odegrał dużą rolę w dążeniu do zjednoczenia państwa polskiego w drugiej połowie XIII i w początku XIV wieku. Św. Stanisław jest współpatronem Polski i patronem Krakowa. W Katedrze na Wawelu znajduje się srebrna trumna ze szczątkami męczennika, wykonana w latach 1669-1671 przez mistrza gdańskiego Piotra von der Rennen (poprzednią zrabowali Szwedzi w 1657 roku). Trumnę, pokrytą przedstawieniami scen z życia i cudów św. Stanisława, podtrzymują czterej aniołowie. Przy konfesji św. Stanisława polscy królowie składali zdobyczne trofea wojenne, m.in. w 1411 roku król Władysław Jagiełło zawiesił tam zdobyte w bitwie pod Grunwaldem chorągwie krzyżackie, a Jan III Sobieski sztandar turecki zdobyty po zwycięstwie pod Wiedniem. Katedra Wawelska miała szczególne znaczenie dla Ojca Świętego Jana Pawła II. Polski papież odwiedzał ją siedem razy, podczas każdej wizyty w Krakowie. W katedrze, w krypcie św. Leonarda, po otrzymaniu święceń kapłańskich, ksiądz Karol Wojtyła odprawił 2 listopada 1946 r. mszę prymicyjną. 28 września 1958 r. w prezbiterium katedry odbyła się konsekracja biskupia księdza Wojtyły, a 9 lipca 1967 roku - ingres kardynalski metropolity krakowskiego. Wzgórze Wawelskie ma wysokość 238 m. n.p.m. Niegdyś było otoczone rozlewiskami i bagnami. Zamek wybudowany na nim obrali sobie na rezydencję pierwsi królowie polscy: Bolesław Chrobry i Mieszko II. Od tego czasu Wawel stał się siedzibą królów, aż do przeniesienia stolicy do Warszawy w 1596 r. Obecne mury otaczające Wawel wzniesione zostały po wyburzeniu w XIX wieku średniowiecznych fortyfikacji obronnych.