Według ustaleń prokuratury, były dyrektor Antoni W. trzykrotnie na wnioskach o nagrodę prezydenta Krakowa poświadczył nieprawdę, że wnioski te uzyskały pozytywną opinię rady pedagogicznej, podczas gdy takiej opinii nie posiadały. Dwa wnioski dotyczyły zastępcy dyrektora Ewy S., jeden - wychowawcy Edwarda B. Ponadto - zdaniem prokuratury - oskarżony dyrektor rozliczał benzynę do samochodu jednego z wychowawców, używanego do swoich potrzeb, z funduszy rady rodziców. Zlecał także sprzątaczce pranie własnych prywatnych dywanów w czasie pracy i wykorzystywał pracę szkolnych pracowników konserwatorów i portiera w szkole (mycie swoich samochodów) i na własnej posesji (remonty). Akt oskarżenia zawiera także zarzuty uporczywego naruszania w latach 2003-2008 praw pracowników, np. poprzez zmuszanie pracownicy do odejścia na emeryturę i szykanowania jej, oraz złośliwe naruszanie praw innych pracowników. Zarzuty dotyczą też ingerowania w wybory do samorządu szkolnego - poprzez zmienianie regulaminu w trakcie wyborów, wykluczenia osób, które wygrały i zarządzenie nowych wyborów. Oprócz Antoniego W. oskarżonymi są: właściciel samochodu opłacanego z pieniędzy rady rodziców Marek C. i ówczesny wicedyrektor Leszek K., który - według ustaleń prokuratury - w maju i czerwcu 2008 wykorzystał podległość nauczycieli i zlecił im wystawienie pozytywnych ocen z kilku przedmiotów uczniom, którzy nie uczestniczyli w zajęciach. Postępowanie w tej sprawie wszczęto po nadesłanym anonimie. W toku postępowania potwierdziły się zawarte w nim zarzuty. Antoni W. nie jest już dyrektorem szkoły.