Ogółem podczas wojny do obozu trafiło około 15 tysięcy jeńców. Przeżyło mniej niż stu. Postępowanie hitlerowców wobec jeńców nacechowane było wyjątkowym barbarzyństwem. Dokładna data pierwszej deportacji nie jest znana. Dokonała się jednak prawdopodobnie po rozkazie szefa Głównego Urzędu Bezpieczeństwa Rzeszy (RSHA) Gruppenfuehrera SS Reinharda Heydricha z 17 lipca, w którym nakazał zabić wszystkich radzieckich jeńców stanowiących zagrożenie dla narodowego socjalizmu. Byli to funkcjonariusze państwa i partii komunistycznej, komisarze Armii Czerwonej, inteligencja i Żydzi. Pierwszy transport dotarł do Auschwitz kilka tygodni po agresji Niemiec na Związek Radziecki. Według relacji więźniów byli to komisarze. Nie oznaczono ich numerami obozowymi i nie objęto ewidencją. Ulokowano ich w bloku 11. W ciągu kilku dni wszyscy zostali wymordowani podczas pracy lub przez SS-manów. Kolejny transport liczył około 600 jeńców. 3 września 1941 roku wraz z grupą 250 chorych Polaków zginęli w czasie pierwszego masowego uśmiercania cyklonem B. Dokonywał tego zastępca komendanta obozu Hauptsturmfuehrer SS Karl Fritsch, który "testował" gaz, by móc używać go później na masową skalę przy mordowaniu Żydów. Więźniowie konali dwa dni. W połowie września 1941 roku Niemcy wydzielili dziewięć bloków obozu Auschwitz. Nad bramą wejściową umieścili napis "Russische Kriegsgefagenen Arbeitslager" (obóz pracy dla rosyjskich jeńców wojennych). W październiku trafiło tam około 10 tysięcy, skrajnie wyczerpanych fizycznie i psychicznie, jeńców z obozów Lamsdorf (Łambinowice koło Opola) i Neuhammer am Quais (Świętoszów nad Kwisą). Równocześnie z przybyciem jeńców władze obozu Auschwitz przystąpiły do budowy obozu Birkenau. Zatrudniono ich przy burzeniu i rozbiórce domów po wysiedlonej ludności polskiej oraz przy melioracji i niwelacji terenu przeznaczonego dla potrzeb Birkenau. W najtrudniejszym okresie, zimą z 1941 na 1942 rok, jeńcy pracowali ponad siły. Ubrani byli nierzadko tylko w drelichy, bez bielizny. Mrozy sięgały wówczas -35 stopni C. Jeżeli odważyli się odmówić przystąpienia do pracy ponad siły, co gwarantowało prawo międzynarodowe, byli rozbierani do naga i polewani tak długo wodą, aż skostnieli. Jeńcy ginęli masowo. Dziesiątkowały ich choroby i głód. Półżywi ginęli pod kolbami karabinów. Dniem największej liczby zgonów był 4 listopada 1941 roku - zginęło 352 jeńców. Obóz jeniecki szybko pustoszał. Z początkiem marca jeńców przeniesiono do Auschwitz II - Birkenau. Przy życiu pozostało jedynie 945 osób. 17 stycznia 1945 roku na ostatnim apelu stawiło się 96 jeńców radzieckich.