Ciało Stanisława Pyjasa znaleziono 7 maja 1977 r. w bramie kamienicy przy ul. Szewskiej w Krakowie. Prokuratura, która po śmierci studenta prowadziła śledztwo, umorzyła sprawę, twierdząc, że Pyjas "spadł ze schodów". Dla przyjaciół i znajomych Pyjasa ta wersja okoliczności jego śmierci była od początku niewiarygodna, bo wiedzieli, że interesowała się nim bezpieka. Śledztwo wznowiono w 1991 r., a potem jeszcze kilkakrotnie podejmowano i umarzano z powodu niemożności wykrycia sprawców. Obecnie sprawę bada krakowski IPN. Jest to już piąte śledztwo ws. śmierci Pyjasa. Krakowski IPN przejął je formalnie 21 maja ubiegłego roku w związku z pojawieniem się nowych dokumentów. - Są nowe dokumenty, ujawniono nowe okoliczności, ale ponieważ są one weryfikowane m.in. w toku kolejnych przesłuchań, nie możemy podawać żadnych informacji, gdyż odbyłoby się to ze szkodą dla sprawy - powiedział szef pionu śledczego krakowskiego IPN, prok. Piotr Piątek. Dodał, że przesłuchano do tej pory około 20 świadków, w tym 10 zupełnie nowych w sprawie. W najbliższym czasie IPN otrzyma także materiały z filmu "Trzech kumpli", o które wystąpił. Uzyskane przez autorki filmu wypowiedzi różnych osób, spisane w formie scenopisu, będą podstawą do ponownych przesłuchań. Pod koniec kwietnia IPN przesłuchał m.in. Lesława Maleszkę, przyjaciela Pyjasa, który był także tajnym współpracownikiem donoszącym na niego do SB. Maleszka, który przyjaźnił się z Pyjasem, był już przesłuchiwany we wcześniejszych śledztwach. W połowie lat 90. zeznawał jako były TW, choć jego dawni przyjaciele nie wiedzieli wtedy o jego przeszłości, a śledczych obowiązywała tajemnica.W 2001 r. działacze Studenckiego Komitetu Solidarności ujawnili, że był on zarejestrowany jako TW "Ketman", a sam Maleszka przyznał się do tego publicznie po zdemaskowaniu. Sprawa roli Maleszki w śmierci Pyjasa wróciła po wyemitowaniu w czerwcu 2008 r. w TVN filmu "Trzech kumpli", opowiadającego o przyjaźni studentów i opozycjonistów - Stanisława Pyjasa, Bronisława Wildsteina oraz Lesława Maleszki. W filmie Maleszka przyznał, że jego donosy mogły mieć "daleki związek" ze śmiercią Stanisława Pyjasa. "Czy moje donosy przyczyniły się do tego, że Staszka inwigilowano? Z całą pewnością. Czy istnieje związek pomiędzy moimi donosami, a jego śmiercią? Bardzo daleki myślę... ale jakoś tam biorę to pod uwagę" - mówił w filmie Maleszka. Do tej pory zarzuty utrudniania śledztwa z lat 70. przedstawiono sześciu osobom. Według prokuratury, w wyniku ich działalności zaprzepaszczono szanse na ustalenie okoliczności śmierci Pyjasa. Trzech z oskarżonych zmarło w toku postępowania, dwóch zostało prawomocnie skazanych, zaś proces przeciw b. wiceministrowi SW gen. Bogusławowi Stachurze, z powodu złego stanu zdrowia oskarżonego został zawieszony, a po jego śmierci umorzony. Śmierć Stanisława Pyjasa była impulsem do utworzenia w 1977 r. Studenckiego Komitetu Solidarności.