Prokuratura oskarżyła go o niedopełnienie obowiązków i sprowadzenie zagrożenia epidemiologicznego, w wyniku którego zmarło na sepsę 17 noworodków urodzonych w tym szpitalu w 2002 roku, a kolejne 73 noworodki zostały zakażone bakteriami, m.in. klebsiella pneumoniae czy coli. Sąd uznał Suzina za winnego nieumyślnego niedopełnienia tylko jednego obowiązku z kilku zarzucanych mu przez prokuraturę. Chodzi o brak wprowadzenia systemu badań, identyfikacji i rejestracji szczepów bakteryjnych, którego wprowadzenie nakładała na dyrektora ustawa o chorobach zakaźnych. W ocenie sądu oskarżony był tylko jedną z osób odpowiedzialnych w tej sprawie, a zaniedbań dopuścił się także ordynator oddziału, który jednak nie został objęty aktem oskarżenia. Wyrok jest nieprawomocny. Śledztwo w tej sprawie trwało niemal cztery lata. Wszczęte zostało jesienią 2002 r., po doniesieniach w mediach o zgonie czwórki zakażonych bakterią klebsiella pneumoniae noworodków. Początkowo stwierdzono zakażenie tą bakterią u 13 dzieci urodzonych w tym szpitalu; w trakcie śledztwa wyszło jednak na jaw, że doszło do zakażenia znacznie większej liczby dzieci, a pierwszy zgon noworodka na sepsę nastąpił już w styczniu 2002 r. Według prokuratury zakażenie spowodowały złe warunki sanitarne na oddziałach: położniczym i patologii noworodka, które doprowadziły do wybuchu epidemii. Dyrektor nie zapewnił prawidłowych procesów dezynfekcji w szpitalu, nie sprawował nadzoru nad przestrzeganiem standardów higieny wewnątrzszpitalnej i nie dokonywał kontroli stosowanych metod leczenia, w tym antybiotykoterapii. Zarzucono mu także brak nadzoru nad zgłaszaniem przypadków zachorowań na posocznicę do powiatowego inspektora sanitarnego. Zdaniem prokuratury, niedopełnienie przez niego obowiązków doprowadziło do zgonu z powodu posocznicy 17 noworodków (niektóre z nich zmarły już w trakcie leczenia w innych placówkach) oraz do zakażenia 73 noworodków. Z kilku opinii Narodowego Instytutu Zdrowia Publicznego wynika, że noworodki zakaziły się bakterią w szpitalu, w którym nie były przestrzegane wymogi higieniczne i zdrowotne. Nie udało się jednak określić źródła zakażenia. Prokuratura domagała się dla b. dyrektora trzech lat więzienia oraz zakazu pełnienia przez niego funkcji kierowniczych w służbie zdrowia przez pięć lat. Obrona wnosiła o uniewinnienie. Sąd ogłaszając wyrok uznał, że oskarżonemu można przypisać winę tylko w zakresie niedopełnienia obowiązku polegającego na opracowaniu, wdrożeniu i nadzorowaniu procedur zapewniających ochronę przed zakażeniami zakładowymi. Uznał też, że następstwem niedopełnienia tego obowiązku była śmierć ośmiorga noworodków. W ocenie sądu jest też oczywistym, że oskarżony nie jest jedyną osobą odpowiedzialną za to co się stało. - Jest jedną z osób odpowiedzialnych. Niewątpliwie zaniedbań dopuścił się również ten kto bezpośrednio nadzorował oddział, czyli jego ordynator. Niemniej nie zwalania to oskarżonego od odpowiedzialności w ogóle - argumentowała sędzia Izabela Dercz. Według sądu nie można było uznać oskarżonego winnym pozostałych zarzucanych mu przez prokuraturę zachowań ze względu na brak dostatecznych dowodów na niedopełnienie obowiązków albo na istnienie określonych procedur w szpitalu. Prof. Jacek Suzin (który zgodził się na publikacje danych osobowych) podkreślił po ogłoszeniu wyroku, że jest niewinny i kara jest zbyt surowa. Jego obrońca. mec. Wojciech Woźniacki nie wykluczył apelacji. Podkreślił, że z kilkunastu zarzutów nieprawidłowości stawianych prof. Suzinowi został jeden, a sąd wskazał także, że liczba oskarżonych powinna być zdecydowanie większa. Natomiast prokurator Małgorzata Bieniaszczyk zapowiedziała, że podejmie decyzję o apelacji po zapoznaniu się z pisemnym uzasadnieniem wyroku. Obecne w sądzie matki zmarłych noworodków zgodnie przyznały, że nie są zadowolone z wyroku, a karę uznały za zbyt niską. Podkreśliły, że sąd słusznie uznał, iż nie tylko dyrektor ponosi odpowiedzialność za to co się stało. - Jeśli za to zostałby skazany ordynator oddziału, to wtedy może byłoby inaczej - mówiła jedna z matek występująca jako oskarżycielka posiłkowa. Ona i inna kobieta zapowiedziały walkę o odszkodowania od szpitala. Wcześniej rodzice czwórki zmarłych noworodków wystąpili do sądu z pozwami przeciw placówce, domagając się po ok. 100 tys. zł odszkodowania. Kilka spraw zakończyło się zawarciem ugody i szpital wypłacił im odszkodowania sięgające ponad 40 tys. zł. Jacek Suzin został odwołany z funkcji dyrektora szpitala im. Madurowicza w listopadzie 2006 roku.