Według prokuratury, w wyniku działalności oskarżonych w latach 1999-2000 Fundusz stracił ponad 42 mln zł. Łódzki sąd okręgowy w styczniu 2009 roku skazał 16 z 23 oskarżonych w tej sprawie na kary od 11 miesięcy w zawieszeniu do czterech lat bezwzględnego więzienia. Na najwyższą karę sąd skazał b. posła i b. łódzkiego "barona" SLD Andrzeja Pęczaka. Sąd uniewinnił pięć osób, w tym b. marszałka województwa z ramienia SLD Waldemara Matusewicza; wobec dwóch innych oskarżonych odstąpił od ukarania. Od wyroku odwołała się zarówno prokuratura, jak i obrona. Apelacje dotyczą w sumie 20 oskarżonych; wobec trzech osób wyrok się już uprawomocnił. Odwołania obrony dotyczą 17 oskarżonych, a prokuratury - 12, m.in. Pęczaka i Matusewicza. Dla b. posła oskarżyciel żądał kary 7 lat, a dla b. marszałka - 3 lat więzienia. Prokuratura wnioskuje m.in. o częściowe uchylenie wyroku i skierowanie sprawy do ponownego rozpoznania. Proces ruszył, mimo że w sądzie nie pojawiło się 14 oskarżonych, w tym Pęczak. Byli natomiast ich obrońcy, którzy nie wnosili żadnych wniosków dotyczących odroczenia rozprawy; pojawił się także Matusewicz. Termin kolejnej rozprawy został wyznaczony na piątek, 14 stycznia. Z powodu choroby Pęczaka w grudniu rozprawy odwoławcze zostały przełożone na styczeń. B. poseł przebywał wówczas w szpitalu psychiatrycznym; wiadomo, że opuścił go w połowie grudnia. Andrzej Pęczak został skazany w pierwszej instancji na najwyższą karę czterech lat pozbawienia wolności. Zdaniem śledczych b. "baron" SLD wydawał polecenia m.in. b. szefowi Funduszu Markowi K., aby podejmować inwestycje, na których instytucja straciła dziesiątki milionów zł. Były poseł ma także zapłacić m.in. 250 tys. zł tytułem naprawienia szkody i 60 tys. zł grzywny. Tylko Pęczak został skazany na bezwzględne więzienie; kary od 11 miesięcy do 2 lat pozbawienia wolności dla b. członków zarządu i rady nadzorczej Funduszu oraz spółki córki tej instytucji sąd warunkowo zawiesił na 5 lat. Sąd zobowiązał część oskarżonych do naprawienia szkody na rzecz Funduszu w wysokości od 5 do 300 tys. zł. Mają też oni kilkuletni zakaz zajmowania stanowisk m.in. w samorządzie. Zarzuty niegospodarności dotyczą m.in. zakupu akcji Banku Częstochowa, udzielenia dwóch pożyczek na zakład utylizacji odpadów poubojowych w Zgierzu należącego do rodziny "króla żelatyny" Kazimierza Grabka oraz udzielenia pożyczki i kupno akcji firmy odzieżowej Pilica w Tomaszowie Mazowieckim. Sąd okręgowy uzasadniając wyrok zaznaczył, że sprawa ma podłoże polityczne, bo polityka legła u podstaw znacznej części czynów zarzucanych oskarżonym. Sędzia przypomniał wówczas wyjaśnienia b. prezesa Funduszu Marka K., który mówił, że "Fundusz jest praktycznie folwarkiem i źródłem pozyskania środków dla działaczy politycznych". To - jak dotąd - jedyny z kilku procesów Pęczaka, zakończony nieprawomocnym wyrokiem. Przed sądem w Pabianicach toczy się proces, w którym jest on oskarżony o przyjęcie w sumie ponad 820 tys. zł korzyści majątkowych i osobistych od lobbysty Marka Dochnala i jego asystenta. W kolejnym procesie, przed sądem w Łodzi, Pęczak odpowiada m.in. za korupcję i pomoc w oszustwie. Pęczak, jako pierwszy poseł w III RP, trafił do aresztu w listopadzie 2004 r. W styczniu 2007 roku, po 25 miesiącach, wyszedł na wolność po wpłaceniu 400 tys. zł kaucji.