Prokuratura oskarżyła duchownego o przywłaszczenie co najmniej 100 tys. zł na szkodę parafii oraz wyłudzenie 70 tys. zł od dwóch innych księży. Ks. Franciszek A. przyznał się do winy i dobrowolnie poddał się karze. Na czwartkowym posiedzeniu sąd przychylił się do kary uzgodnionej przez oskarżonego z prokuraturą. Bez przeprowadzenia procesu skazał go na dwa lata więzienia w zawieszeniu na pięć lat i zobowiązał duchownego do naprawienia szkody. Będzie on musiał zwrócić parafii 100 tys. zł w ciągu pięciu lat od uprawomocnienia się wyroku; jednemu z księży musi oddać 60 tys. zł w dwóch ratach - do grudnia przyszłego roku. Zobowiązania wobec drugiego z duchownych oskarżony już spłacił. Sąd wymierzył księdzu także grzywnę w wysokości 5 tys. zł i zobowiązał go do leczenia się w wybranym ośrodku z uzależnienia od hazardu. Za zarzucane czyny księdzu groziła kara do 8 lat pozbawienia wolności. Oskarżonego nie było na posiedzeniu sądu, które odbywało się za zamkniętymi drzwiami; ogłoszenie wyroku było jawne. Wyrok nie jest prawomocny. Franciszek A. może się od niego odwołać, ale w przypadku złożenia apelacji sąd odwoławczy może orzec surowszą karę. Wyrok zapadł na drugim posiedzeniu sądu; w sierpniu zostało ono odroczone, bowiem oskarżony i prokuratura nie porozumieli się co do terminu naprawienia szkody. Ksiądz Franciszek A. - były wikariusz generalny diecezji łowickiej i b. proboszcz parafii Św. Ducha w Łowiczu - zniknął w maju 2006 roku wraz z pieniędzmi otrzymanymi na remont kościoła, a pochodzącymi z kredytu bankowego, pożyczek i darowizn od parafian i innych księży. Wkrótce po zniknięciu został pozbawiony przez biskupa łowickiego stanowisk kościelnych. Śledztwo wszczęto kilka miesięcy później po publikacjach prasowych i doniesieniach pokrzywdzonych duchownych. W sierpniu ub. roku łowicka prokuratura wysłała za duchownym list gończy. Miejsce pobytu księdza przez wiele miesięcy było nieznane. Wiadomo, że przez pewien czas był w Anglii. Pod koniec maja tego roku ksiądz sam stawił się w łowickiej prokuraturze. Śledczy ostatecznie oskarżyli go o przywłaszczenia na szkodę parafii co najmniej 100 tys. zł pochodzących z pożyczki zaciągniętej na remont kościoła (wcześniej mówiło się o kwocie ponad 200 tys. zł). Znaczną część kredytu musiała spłacić łowicka kuria, bowiem poręczenie kredytu podpisał biskup pomocniczy diecezji łowickiej Józef Zawitkowski. Franciszek A. został także oskarżony o doprowadzenie do niekorzystnego rozporządzenia mieniem w wysokości 60 tys. i 10 tys. zł przez dwóch księży ze Skierniewic. Jeden z nich udzielił ówczesnemu proboszczowi parafii Św. Ducha pożyczki na prace konserwatorskie przy ołtarzu głównym kościoła. Prokuratura jako środki zapobiegawcze zastosowała wobec duchownego zakaz opuszczania kraju i poręczenie osoby godnej zaufania. W 2006 roku, po ujawnieniu afery, w Łowiczu odbyło się specjalne nabożeństwo w intencji "przebłagania za wszelkie zło i grzechy biskupów oraz kapłanów, znane i nieznane publiczne". Wzięło z nim udział niemal 200 księży oraz mieszkańcy miasta.