Stipe wyznał, iż od trzech lat jest w stałym związku z mężczyzną. Ujawnił to w wywiadzie dla amerykańskiego magazynu "Time". Według niego zrobił to, bo wreszcie nadszedł na to odpowiedni czas. "Zrobiono już w mediach wielkie zamieszanie z tego powodu. Wszyscy interesują się moją seksualnością, nikt nawet nie pomyślał, że to może być moja prywatna sprawa, ale prawda jest taka, jaka jest" - powiedział wokalista. Obecny życiowy partner Michaela jest - według jego słów - "wspaniałym mężczyzną", ale nie jest żadną znaną osobistością ze świata muzyki czy filmu. Wcześniej Stipe nie mówił wprost o swoim homoseksualizmie twierdząc, iż nie określa się w żaden sposób, ponieważ współżyje zarówno z kobietami jak i mężczyznami.