Z przedwojennych spisów ludności wynika, że w 1939 roku na terenie Bydgoszczy mieszkało ponad 2 tys. Żydów. Społeczność ta stanowiła stosunkowo niewielki odsetek około 130 tys. miasta, tym bardziej, że pośród Żydów tylko niewielka, około stuosobowa grupa była ortodoksyjna religijnie i wyróżniała się ubiorem. Po zajęciu miasta przez Niemców we wrześniu 1939 roku natychmiast rozpoczęły się prześladowania Żydów. Wielu spośród nich rozstrzeliwano w miejscach masowych kaźni wokół miasta lub mordowano w dawnych koszarach artyleryjskich zamienionych na tymczasowy obóz koncentracyjny. Do Bydgoszczy zwożono także grupy żydowskich mieszkańców okolicznych miasteczek i wsi. Eksterminacja postępowała bardzo szybko i jak ocenia prof. Zdzisław Biegański z Uniwersytetu Kazimierza Wielkiego w Bydgoszczy, była jedną z najszybciej przeprowadzonych na terenach II Rzeczypospolitej. Już w grudniu 1939 roku nowe, niemieckie władze Bydgoszczy zameldowały zwierzchnikom w Berlinie, że "miasto jest wolne od Żydów", a transparent z takim napisem po niemiecku zawieszono na drzwiach XIX-wiecznej bydgoskiej synagogi. Przypieczętowała to decyzja burmistrza Wernera Kampe o rozebraniu świątyni. Rozbiórkę ogromnego gmachu (mógł pomieścić około tysiąc osób) wykonywano rękami zmuszonych do tego samych Żydów, a także aresztowanych Polaków. Grupy wyznaczone do pracy codziennie były pędzone przez centrum miasta i po kilkanaście godzin dziennie ręcznie rozbierały mury świątyni. Zimą 1939/40 pozostały już tylko resztki przyziemia budynku. Spis ludności z 1940 roku wykazywał jeszcze obecność w Bydgoszczy 39 osób narodowości żydowskiej, prawdopodobnie potrzebnych niemieckim władzom lub skoligaconych z Niemcami. Rok później nikogo takiego już nie wykazywano. Z szacunków prof. Biegańskiego wynika, że wojnę mogło przeżyć około 30-40 bydgoskich Żydów. Po wojnie powracały do miasta pojedyncze osoby, ale zwykle na krótko. Historia społeczności żydowskiej w Bydgoszczy była stosunkowo krótka. Do czasu rozbiorów, decyzją królewską, nie mogli się oni osiedlać w Bydgoszczy. Znaczna grupa mieszkała więc w położonym bliżej Wisły Fordonie (obecnie dzielnica Bydgoszczy), gdzie stanowili większość mieszkańców. Grupa, która napłynęła do Bydgoszczy po 1772 roku, znacznie przerzedziła się po 1870 roku, gdy zniesiono graniczenia w osiedlaniu się Żydów na terenie Cesarstwa Niemieckiego. Liczna grupa zamożnych, zasymilowanych Żydów wyjechała także do Niemiec po 1920 roku, gdyż kulturowo utożsamiali się ze społeczeństwem niemieckim. Obecnie w centrum Bydgoszczy nie ma materialnych śladów dawnej społeczności żydowskiej: na miejscu synagogi jest trawnik, a cmentarze - zniszczone przez Niemców - przeznaczono po wojnie pod budownictwo. Stara synagoga zachowała się jedynie w - dawniej samodzielnym - Fordonie i od kilku lat jest remontowana przez jedną z działających w mieście fundacji, która będzie prowadzić w budynku działalność kulturalną.