Od 2001 r. z kasy muzeum zniknęło kilkadziesiąt milionów złotych - są wśród nich nierozliczone zaliczki pobierane przez panią dyrektor. Zdarzały się też nietrafione inwestycje. Najbardziej jaskrawym tego przykładem jest wydanie katalogu jednej z wystaw, który ukazał się 4 lata po jej zakończeniu. Katalog kosztował 47 tys. złotych. - Co więcej - mówi Mariusz Krupaszew z wydziału kultury w bydgoskim Ratuszu - podobnych katalogów za kilka czy kilkanaście tysięcy złotych wydano znacznie więcej. Teraz zalegają one w magazynach. Wśród wydatków muzeum znalazła się np. karma dla psa, którego właścicielem był znajomy pani dyrektor. Dodajmy, że budżet muzeum to rocznie 2 mln złotych, z czego na zakupy eksponatów można przeznaczyć zaledwie 120 tys.