Według ustaleń przedstawionych podczas procesu zabójców, ksiądz Popiełuszko został wrzucony do Wisły z zapory we Włocławku w dniu uprowadzenia, 19 października. Pierwsze podwodne poszukiwania zorganizowano 26 października. Oficjalnie ciało odnaleziono i wydobyto z wody dopiero cztery dni później. Pierwszy krzyż, upamiętniający męczeństwo ks. Popiełuszki chciano tu postawić już w listopadzie 1984 roku. Tuż po ujawnieniu szczegółów zbrodni z wnioskiem o zgodę na jego ustawienie zwrócono się do wojewody włocławskiego. Na zgodę trzeba było czekać kilka lat. - Ramy czasowe starań o zgodę wyznaczają dwa listy. Pierwszy z 13 listopada 1984 r., który ówczesny biskup włocławski Jan Zaręba, skierował do wojewody włocławskiego Tadeusza Gembickiego zawierał prośbę o zgodę na postawienie krzyża, i drugi, w którym ten sam wojewoda komunikuje następcy biskupa - bp. Henrykowi Muszyńskiemu - pozytywną decyzję o upamiętnieniu krzyżem miejsca śmierci ks. Popiełuszki. Tyle że to drugie pismo nosi datę 3 lutego 1989 r. - wspomina ks. Antoni Poniński. Pismo bp. Zaręby krążyło po urzędach, by po kilku miesiącach spotkać się z odmową wojewody. Odpisał on biskupowi, że plan zagospodarowania przestrzennego miasta Włocławka "nie przewiduje lokalizacji tego typu obiektów" w rejonie stopnia wodnego. W czwartą rocznicę śmierci ks. Popiełuszki z inicjatywy świeckich zaczęto zbierać podpisy pod petycją skierowaną do wojewody włocławskiego. - Chodziło ciągle o to samo - o upamiętnienie miejsca śmierci ks. Popiełuszki. Pod petycją były już 253 podpisy. Ta spontaniczna akcja była niejako społecznym zapleczem rozmów, jakie niemal dokładnie w czwartą rocznicę pogrzebu ks. Popiełuszki prowadził nowy biskup włocławski z wojewodą. Tym samym, który do tej pory ciągle odmawiał... - podkreślił ks. Poniński. Nawiązując do rozmowy bp Muszyński napisał do wojewody: "Krzyż stanowi dla społeczeństwa, w większości chrześcijańskiego, jedynie słuszną odpowiedź na tragedię, która miała miejsce na zaporze wodnej dn. 19 października 1984 r. W swojej treści jest on dla chrześcijanina znakiem przebaczenia i ocaleniem sensu wielkodusznej ofiary śmierci ks. J. Popiełuszki". Dopiero 3 lutego 1989 r., 50 miesięcy od pierwszej prośby, wciąż ten sam wojewoda włocławski wydał pozytywną decyzję w sprawie upamiętnienia krzyżem faktu i miejsca śmierci ks. Jerzego Popiełuszki. W ciągu czterech lat bezskutecznych starań biskupów o pamięć zamordowanego kapłana dbali działacze podziemnej opozycji. Do barierki obok zejścia z zapory przymocowali niewielki stalowy krzyż, pod którym włocławianie i turyści regularnie składali kwiaty i palili znicze. Oznaki pamięci o ks. Jerzym regularnie znikały i były niszczone przez "nieznanych sprawców". Dla ułatwienia tego zadania, do końca lat 80. w budynkach zapory SB utrzymywała posterunek obserwacyjny. Gdy podczas IV pielgrzymki do Polski w 1991 roku na szlaku Jana Pawła II znalazł się Włocławek zdecydowano, że centralnym punktem ołtarza będzie krzyż. Konstrukcja, zaprojektowana przez Jerzego Kalinę z Warszawy, miała docelowo stanąć jako pomnik męczeństwa ks. Popiełuszki obok zapory. Krzyż wykonali na prośbę bp. Muszyńskiego pracownicy największej włocławskiej firmy - Zakładów Azotowych. Ze względów technicznych i duszpasterskich nie udało się jednak zrealizować całkowicie wizji artysty, który chciał by krzyż stanął w nurcie Wisły. Ustawiono go na półwyspie u stóp zapory.