Jednak po pół roku została zdymisjonowana po tym, gdy Rzecznik Interesu Publicznego złożył do sądu wniosek o jej lustrację - podejrzewając ją o zatajenie współpracy ze służbami specjalnymi PRL. Gilowska powiedziała wówczas, że stała się "przedmiotem szantażu lustracyjnego". We wrześniu 2006 roku Sąd Lustracyjny orzekł, że złożyła prawdziwe oświadczenie lustracyjne, iż nie była agentem SB. 22 września 2006 roku wróciła na stanowisko wicepremiera i ministra finansów, już w rządzie Jarosława Kaczyńskiego, który - przekonany o jej niewinności - jeszcze przed orzeczeniem Sądu Lustracyjnego zaproponował jej powrót do rządu. Obejmując kierownictwo resortu finansów, Gilowska położyła główny nacisk na reformę finansów publicznych oraz na reformę podatków. Zaproponowała m.in. obniżenie klina podatkowego, co miało pobudzić tworzenie nowych miejsc pracy. Wielokrotnie powtarzała, że wysoki wzrost gospodarczy należy wykorzystać do zreformowania finansów państwa, które są w złym stanie. "Nie będę wspierać żadnych działań zmierzających do wzrostu wydatków socjalnych" - deklarowała. Po blisko dwóch latach pracy w resorcie Gilowska podsumowała, że największym sukcesem rządu było "utrzymanie atmosfery zaufania dla polskiej gospodarki, polityków i perspektyw rozwoju, jakie ma Polska". Dodała, że pracując w "trudnej" koalicji PiS z Samoobroną i LPR, udało jej się zapobiec rozdawnictwu. Jako sukces wymieniała też obniżenie składki rentowej, dzięki czemu wszyscy pracujący mają wyższe zarobki. Podkreśliła też, że odchodzący rząd zlikwidował wiele podatków, m.in. akcyzę na kosmetyki oraz podatek od spadków i darowizn przekazywanych w ramach najbliższej rodziny. Była wicepremier żałowała, że z powodu skrócenia poprzedniej kadencji Sejmu nie udało się uchwalić zmian w finansach publicznych. Jednak nieoficjalnie wiadomo, że projekt reformy nie miał pełnego poparcia w rządzie. Wielu ekonomistów zarzuca rządowi PiS, że nie wykorzystał dobrej koniunktury, by poprawić stan finansów. Powierzenie Gilowskiej na początku 2006 roku funkcji wicepremiera i ministra finansów, jako byłemu politykowi Platformy Obywatelskiej, było dużym zaskoczeniem. Kiedy obejmowała funkcję, ekonomiści postrzegali ją jako "gwarancję racjonalnej polityki fiskalnej" i "strażnika pieniędzy publicznych". Uważali, że dzięki silnej osobowości oprze się żądaniom koalicjantów - Samoobrony i LPR - dążących do zwiększania wydatków. Pojawiały się też opinie, że może zrównoważyć "antyliberalne i antyrynkowe zapędy części polityków PiS". Gilowska była wcześniej działaczką samorządową i członkinią Unii Wolności. W 2001 roku wstąpiła do Platformy Obywatelskiej. W Sejmie IV kadencji była wiceszefową Komisji Finansów Publicznych. Szybko stała się jednym z najbardziej rozpoznawanych posłów, ekspertem PO w dziedzinie finansów, cenionym za konsekwencję w działaniu i wyraziste wypowiedzi. W sierpniu 2002 r. znalazła się w rankingu najlepszych posłów tygodnika "Polityka". Została Kobietą roku 2002 "Twojego Stylu". Za barwne wypowiedzi została laureatką plebiscytu "Srebrne Usta", organizowanego przez Program III Polskiego Radia. Gilowska odeszła z PO (była wiceprzewodniczącą partii) w maju 2005 roku, po tym, jak władze PO zarzuciły jej, że w swoim biurze poselskim w Lublinie zatrudniała synową, a synowi zlecała i płaciła za ekspertyzy prawne. Liderzy PO skierowali sprawę do sądu partyjnego. Gilowska odpierała zarzuty, mówiąc, że nigdy tego nie ukrywała. Zyta Gilowska ma 59 lat, jest absolwentką Wydziału Ekonomii Politycznej Uniwersytetu Warszawskiego. Uczestniczyła w wydarzeniach marcowych, usunięto ją z uczelni w marcu 1968 r. i ponownie przyjęto na studia pod koniec czerwca 1968 r. Od 2001 jest profesorem zwyczajnym Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego. Jest autorką 220 publikacji naukowych (w tym 20 książek) z zakresu finansów publicznych.