Od początku lat 90. - z przerwą na okres rządów koalicji SLD-PSL w latach 1993-1997 - Zieliński był szefem archiwów UOP. Po zwycięskich dla SLD w 2001 r. wyborach stracił to stanowisko; wkrótce potem przeszedł do biura ówczesnego RIP Bogusława Nizieńskiego. 15 marca tego roku nowa ustawa lustracyjna zlikwidowała urząd RIP (swego rodzaju oskarżyciela w sprawach lustracyjnych). Jego rolę przejął właśnie nowy pion lustracyjny IPN. W 2002 r. Prokuratura Okręgowa w Warszawie postawiła Zielińskiemu oraz jego zastępcy zarzut przekroczenia uprawnień w związku z trybem i sposobem przekazywania Sądowi Lustracyjnemu i RIP dokumentów niezbędnych do lustracji Aleksandra Kwaśniewskiego. Ostatecznie w 2004 r. prokuratura stwierdziła jednak, że nie doszło do przestępstwa i umorzyła śledztwo przeciwko Zielińskiemu. Ówczesna opozycja uważała, że zarzuty wobec niego miały charakter polityczny. W 2000 r. Sąd Lustracyjny - badając z urzędu oświadczenia lustracyjne kandydatów na prezydenta - orzekł, że Kwaśniewski złożył prawdziwe oświadczenie o tym, że nie był agentem SB. Obóz Kwaśniewskiego zarzucał wtedy UOP, kierowanemu przez Zbigniewa Nowka (dziś - szefa Agencji Wywiadu), że przesłał sądowi materiały nie wiążące się z lustracją i że dodatkowe akta wysyłał sądowi "w ostatniej chwili". Po wyroku sam Kwaśniewski oświadczył, że ci, którzy manipulowali materiałami i terminami nadsyłania dokumentów, "nie mogą czuć się spokojnie", co zostało krytycznie przyjęte przez część prasy i polityków AWS i UW. Wkrótce potem szef Biura Bezpieczeństwa Narodowego Marek Siwiec powiedział, że Kwaśniewski stracił do UOP zaufanie. UOP nie złamał prawa - replikował koordynator służb specjalnych Janusz Pałubicki. We wrześniu 2000 r. sejmowa Komisja ds. Służb Specjalnych uznała, że UOP nie złamał prawa w tej sprawie, ale dopuścił się czterech uchybień. Były to: stwierdzenie Nowka, że Kwaśniewski był zarejestrowany jako agent tajnych służb PRL; nieprzesłanie rzecznikowi materiałów Kwaśniewskiego; odtajnienie przez UOP dokumentów, które mogły uczynić z niego osobę pokrzywdzoną w myśl ustawy o IPN (czyli uprawnioną do wglądu w swoją "teczkę" osobę inwigilowaną w PRL), a których odtajnienie mogło naruszyć dobra osobiste prezydenta i osób trzecich; niepoinformowanie o sprawie Pałubickiego i premiera Jerzego Buzka. Doniesienie do prokuratury w sprawie szefów archiwów UOP złożył Zbigniew Siemiątkowski, co - jak mówił - nakazały mu informacje uzyskane w czasie, gdy - po wyborach parlamentarnych i zmianie rządu pod koniec 2001 r. - pełnił obowiązki szefa UOP. Wobec Zielińskiego wszczęto - już po wyborach parlamentarnych 2001 r. - postępowanie dyscyplinarne w UOP. Wkrótce potem odszedł on z Urzędu. Wśród dziennikarzy zasłynął, zasłaniając dokumentami swoją twarz podczas konferencji prasowych w UOP. W czasie procesów lustracyjnych przychodził do sądu z dokumentami SB w asyście ochrony i w kamizelce kuloodpornej. O Zielińskim zrobiło się też głośno, gdy w 2005 r. złożył dymisję z funkcji wiceszefa biura RIP - po tym, jak ówczesny rzecznik Włodzimierz Olszewski powołał na szefa biura b. oficera SB Waldemara Mroziewicza. Gdy krótko potem Olszewski wycofał się z tej krytykowanej powszechnie nominacji, Zieliński został szefem biura RIP.