Federacja wyraża niepokój co do łamania praw dziennikarzy i mediów w Polsce. Wspólnie ze Stowarzyszeniem Dziennikarzy Polskich EFD krytykuje decyzję o zwolnieniu redaktora naczelnego "Rzeczpospolitej" Tomasza Wróblewskiego, jego zastępcy Bartosza Marczuka, dziennikarza Cezarego Gmyza oraz redaktora Mariusza Staniszewskiego 6 listopada 2012 r. Federacja "jest zaniepokojona zwolnieniem najbardziej doświadczonych dziennikarzy z szanowanej gazety codziennej z powodu dziennikarskiego śledztwa, które prowadzili". Jej zdaniem, świadczy to o braku poszanowania polskiego rządu dla niezależności mediów. Europejska Federacja Dziennikarzy przyłącza się do protestu Stowarzyszenia Dziennikarzy Polskich i ma nadzieję, że podjęte decyzje zostaną wycofane. 30 października "Rz" napisała, że na wraku samolotu Tu-154M, który rozbił się w Smoleńsku, polscy śledczy znaleźli ślady trotylu i nitrogliceryny. Prokuratura wojskowa zaprzeczyła. Po tym, jak artykuł ukazał się w gazecie, Rada Nadzorcza Presspubliki zarekomendowała zarządowi spółki zwolnienie jego autora Cezarego Gmyza oraz redaktora naczelnego Tomasza Wróblewskiego, jego zastępcy Bartosza Marczuka i szefa działu krajowego Mariusza Staniszewskiego. Pracami redakcji kieruje od tego czasu dotychczasowy wicenaczelny Andrzej Talaga. Zwolnienie Gmyza i pozostałych osób wywołało krytykę m.in. Stowarzyszenia Dziennikarzy Polskich oraz Kongresu Mediów Niezależnych i Stowarzyszenia Wolnego Słowa.