Zdaniem gazety, był on "naturalnym kandydatem" do objęcia dowództwa po śmierci generała Andrzeja Błasika i odejściu do rezerwy jego zastępcy generała Krzysztofa Załęskiego. Tymczasem ostatecznie wybrano generała Lecha Majewskiego. Jak ustalił "Nasz Dziennik", informację, że to właśnie Dygnatowski przejmie obowiązki i że jest to "pewne", Bogdan Klich przekazał 18 maja 2010 roku w siedzibie MON między innymi szefowi Sztabu Generalnego, dyrektorowi sekretariatu MON oraz generałowi Krzysztofowi Załęskiemu, czasowo pełniącemu obowiązki dowódcy Sił Powietrznych. "Nasz Dziennik" ujawnił notatkę generała Załęskiego w tej sprawie, znajdującą się w zbiorze akt Dowództwa Sił Powietrznych. Zarówno Załęski jak i MON nie chcą się wypowiadać w tej sprawie. "Nasz Dziennik" pisze, że z notatki wynika, że decyzja została ostatecznie ustalona, a generałowi Dygnatowskiemu już składano gratulacje. Zdaniem gazety, kluczową rolę w zmianie nominacji miał mieć obecny szef BBN Stanisław Koziej. Przed objęciem stanowiska dowódcy Sił Powietrznych to właśnie z nim miał rozmawiać generał Lech Majewski. Szef BBN następnie miał rozmawiać z prezydentem, a po tej rozmowie to generał Majewski został nowym dowódcą. Minister Koziej zaprzecza jakoby prowadził jakiekolwiek rozmowy. Redakcja "Naszego Dziennika" zwróciła się do Kancelarii Premiera o wyjaśnienie wycofania kandydatury generała Dygnatowskiego.