Śledztwo wszczęto 23 września - poinformowała rzeczniczka prokuratury Katarzyna Szeska. Jego podstawą jest artykuł Kodeksu karnego, który przewiduje grzywnę, karę ograniczenia wolności albo do 2 lat więzienia dla tego, kto "niszczy, uszkadza, czyni bezużytecznym, ukrywa lub usuwa dokument, którym nie ma prawa wyłącznie rozporządzać". Na pytanie, czy śledczy będą chcieli przesłuchać , Szeska odparła, że "pewien plan śledztwa jest już opracowany", ale prokuratura nigdy nie ujawnia swych zamiarów. Według Szeskiej, śledztwo wszczęto "w sprawie ukrycia lub zniszczenia w nieustalonym czasie nie wcześniej niż we wrześniu 1992 r. dokumentów w postaci kilkudziesięciu kart akt spraw operacyjnych i mikrofilmów wytworzonych przez Służbę Bezpieczeństwa oraz notatek funkcjonariuszy Urzędu Ochrony Państwa, a pozostających w latach 1992-94 w zasobie archiwalnym UOP, po ich uprzednim wydaniu przez kierownictwo Ministerstwa Spraw Wewnętrznych i UOP w okresie od sierpnia 1992 r. do kwietnia 1994 r.". Prokuratura nie precyzuje, kto miał ukryć bądź zniszczyć akta i komu je wydano. Wiadomo, że akta z UOP na temat Wałęsy trafiły w 1992 r. do Kancelarii Prezydenta RP mocą decyzji ówczesnego szefa MSW Andrzeja Milczanowskiego. Oryginały akt przekazano bez pośrednictwa tajnych kancelarii. Wróciły one do UOP zdekompletowane. Wszczęto śledztwo w tej sprawie, a kolejne ekipy UOP bezskutecznie żądały od Wałęsy zwrotu akt. Warszawska prokuratura, która początkowo postawiła Milczanowskiemu oraz szefom UOP Jerzemu Koniecznemu i Gromosławowi Czempińskiemu zarzut utraty tajnych akt, w 1999 r. umorzyła śledztwo, uznając że według nowego Kodeksu karnego nieumyślna utrata tajnych dokumentów nie jest przestępstwem. Szeska powiedziała, że nowe śledztwo ma inny zakres niż to umorzone w 1999 r. Przyznała, że wszczęto je po zawiadomieniu osób prywatnych (złożyli je m.in. współzałożyciel WZZ Krzysztof Wyszkowski i stoczniowiec Henryk Jagielski) oraz po analizie akt śledztwa umorzonego w 1999 r. Pytana, czy karalność ewentualnego przestępstwa nie jest już przedawniona, Szeska zwróciła uwagę, że nie jest znana data końcowa czynu (od niej biegnie czas przedawnienia). "Śledztwo wszczęto, bo okoliczności sprawy wymagają procesowego wyjaśnienia" - dodała. Nieznane szczegóły całej sprawy opisali Sławomir Cenckiewicz i Piotr Gontarczyk w wydanej w czerwcu przez IPN książce "SB a Lech Wałęsa". Według nich, niezwrócone przez Wałęsę akta miały potwierdzać, że był on agentem SB o kryptonimie "Bolek". Były wśród nich m.in. mikrofilmy znalezione w 1993 r. przez UOP u b. esbeka z Gdańska, a dotyczące m.in. Wałęsy, Lecha Kaczyńskiego, Jacka Merkla, Bogdana Borusewicza i Bogdana Lisa. Wałęsa potwierdzał, że wypożyczał archiwalne dokumenty na swój temat, zaprzeczał jednak, by miał coś z nich usunąć. "Ja nie zniszczyłem żadnego dokumentu. Natomiast mogą być problemy, bo odpowiedzialny za całą tę sprawę był mój minister Andrzej Zakrzewski, a on jest świętej pamięci. Zapraszam - mogą przyjść do mnie do domu, z policją włącznie, nie będę robił rozróby. Nie mam żadnych dokumentów tajnych w domu" - mówił Wałęsa po wydaniu książki. Instytut Pamięci Narodowej (który przechowuje wszelkie akta SB) podawał wtedy, że nie rozważa zwrócenia się do Wałęsy o zwrot akt.