Według gazety, decyzję o odejściu Cenckiewicz podjął "ze względu na dobro ". O rezygnację miał prosić go szef IPN Janusz Kurtyka, w zamian proponując Cenckiewiczowi inne, mniej eksponowane stanowisko kierownicze w Instytucie. Według nieoficjalnych informacji, na które powołuje się "Rzeczpospolita", na dymisję Cenckiewicza naciskali politycy związani z rządzącą koalicją. Mieli oni grozić, że gdyby Cenckiewicz pozostał szefem BEP w Gdańsku, budżet IPN zostanie obcięty o 30 milionów. Sławomir Cenckiewicz wraz z Piotrem Gontarczykiem opublikowali w wydawnictwie IPN książkę "SB a Lech Wałęsa. Przyczynek do biografii". Książka na podstawie dokumentów będących w zasobie IPN stawiała tezę, że Lech Wałęsa na początku lat 70. podjął współpracę z SB jako tajny współpracownik o pseudonimie Bolek. Według autorów, Wałęsa już jako prezydent wszedł w posiadanie dokumentów SB na swój temat. Po wypożyczeniu ich przez Kancelarię Prezydenta z Urzędu Ochrony Państwa wróciły one wybrakowane. Lech Wałęsa po publikacji książki początkowo zapowiedział proces przeciw autorom, potem jednak się z tego wycofał.