Cmentarz został założony w końcu XVIII w., wówczas jeszcze poza granicami miasta. Do tego czasu zmarłych grzebano na niewielkich cmentarzach przy kościołach lub w kryptach. Nekropolie przy świątyniach, usytuowanych w centrum miasta, z czasem stały się za małe. Zwłoki grzebano w kilku warstwach, a ostatnia z nich często znajdowała się zbyt płytko pod ziemią. Przepełnione cmentarze przykościelne sprawiały coraz większy kłopot i nierzadko groziły wybuchem epidemii. W 1728 r. prowincjał ojców bonifratrów w zarządzeniu wydanym przeorowi lubelskiemu nakazał, "aby więcej trupów nie chować, ponieważ smród wielki w kościele". Chowania zmarłych w kościołach i przy nich - ze względów sanitarnych - władze zakazały w 1792 r. Cmentarz powstać więc musiał za miastem. Początkowo na lubelską nekropolię przeznaczono trzy morgi gruntu kupione w lutym 1794 r. od Zgromadzenia Panien Brygidek. Był to plac ogrodzony drewnianym parkanem i otoczony lipami, stąd w XIX w. cmentarz nazywany był Pod Lipkami albo Lipki. Jednak grzebanie zmarłych poza miastem napotkało początkowo na opór mieszkańców Lublina. Jako pierwsi pochowali tu swoich bliskich wolnomyśliciele. Najstarsze nagrobki, członków loży wolnomularskiej, pochodzą z 1811 r. Pozostałości przykościelnego cmentarza zachowały się do dziś przy świątyni ewangelicko-augsburskiej pw. Św. Trójcy przy ul. Ewangelickiej w centrum Lublina. Najstarszy tamtejszy nagrobek pochodzi z 1787 r. Pochówki na cmentarzu przy Lipowej ewangelicy rozpoczęli w 1831 r. Do końca XIX wieku lubelska nekropolia była wielokrotnie powiększana. Obecnie zajmuje powierzchnię kilkunastu hektarów. Na jej terenie znajdują się kaplice - rzymskokatolicka pw. Pana Jezusa Ukrzyżowanego wybudowana w pierwszej połowie XX wieku oraz prawosławna cerkiew-grobowiec pw. Świętych Niewiast Niosących Wonności wzniesiona na cmentarzu w latach 1901-1904, którą ufundował ówczesny prezes Izby Skarbowej w Lublinie Andrej Dejkun. Do części prawosławnej cmentarza prowadzi brama wybudowana w bizantyjsko-cerkiewnym stylu. Na cmentarzu przy ul. Lipowej pochowani są żołnierze polscy, niemieccy, ukraińscy, austriaccy, rosyjscy. W części katolickiej znajduje się m.in. mogiła powstańców styczniowych, a w części prawosławnej - żołnierzy armii Ukraińskiej Republiki Ludowej atamana Symona Petlury. Na najstarszej lubelskiej nekropoli swoje groby mają m.in. poeta Józef Czechowicz, kaznodzieja ks. Piotr Ściegienny, bibliofil Hieronim Łopaciński. W ostatnich latach w różnych miejscach cmentarza powstały dwa kolumbaria, w których umieszczane są urny z prochami zmarłych. Trzecie kolumbarium na ponad 330 nisz jest w trakcie budowy. Kolumbaria budują na cmentarzu członkowie Stowarzyszenia Zwolenników Kremacji w Lublinie. Z inicjatywy tego stowarzyszenia, przy wsparciu finansowym ministerstwa kultury, wyremontowano kaplicę mieszczącą się w wojskowo-komunalnej części cmentarza. Kaplica, powstała na początku XX w., ma charakter ekumeniczny, może także służyć osobom bezwyznaniowym.