W środę zaraz po powrocie do MSZ Waszczykowskiemu została wręczona decyzja o zakończeniu współpracy z nim. Jak powiedział Paszkowski, umowa została rozwiązana z zachowaniem trzymiesięcznego okresu wypowiedzenia. MSZ motywuje tę decyzję "brakiem możliwości wyznaczenia - po długotrwałym urlopie bezpłatnym - stanowiska odpowiadającego kwalifikacjom Waszczykowskiego i jego przygotowaniu zawodowemu w związku z utratą poświadczenia bezpieczeństwa uprawniającego do dostępu do informacji niejawnych stanowiących tajemnicę państwową". PAP nie udało się skontaktować z Waszczykowskim. Po wywiadzie dla "Newsweeka" w 2008 roku, w którym Waszczykowski skrytykował działania rządu Donalda Tuska dotyczące negocjacji z USA ws. tarczy antyrakietowej, ABW wszczęła postępowanie sprawdzające czy ówczesny wiceminister spraw zagranicznych nie ujawnił tajemnicy państwowej. Wówczas dostęp Waszczykowskiego do tajemnic państwowych został wstrzymany. Sprawa ciągnie się do dziś - powiedział w środę Waszczykowski portalowi "Gazety Wyborczej". "Ale to nie powinno być przeszkodą w mojej pracy. W gmachu MSZ jest wielu pracowników, którzy nie mają poświadczenia bezpieczeństwa i zajmują na przykład analityczne stanowiska. To zwykły wykręt polityczny" - dodał. Nie wykluczył, że zapisze się do PiS. Może tam komuś moje doświadczenie się przyda - powiedział. Waszczykowski związany był z MSZ od początku lat 90. W latach 2005-2008 był wiceministrem w resorcie spraw zagranicznych. Jednocześnie pełnił funkcję głównego negocjatora w sprawie tarczy antyrakietowej. Odwołany został z tej funkcji, ponieważ premier Donald Tusk zarzucił mu złą wolę i nielojalność w związku z wywiadem udzielonym dla "Newsweeka". Waszczykowski powiedział w nim, że na początku lipca 2008 r. wynegocjował z USA "umowę w sprawie tarczy, która gwarantuje bezpieczeństwo Polsce" oraz deklarację współpracy polityczno-wojskowej między polską a Stanami Zjednoczonymi. "Sądzę, że informacja o zakończeniu negocjacji nie przyniosłaby politycznych korzyści rządowi Donalda Tuska. Stałoby się to za szybko po interwencjach prezydenta w sprawie tarczy i po czerwcowej wizycie prezydenckiej minister Anny Fotygi w USA. Powstałoby wrażenie, że to prezydent jest twórcą tego sukcesu, a nie rząd" - mówił w wywiadzie Waszczykowski. W sierpniu 2008 roku został powołany na stanowisko zastępcy szefa BBN. Po przyjęciu propozycji od prezydenta Lecha Kaczyńskiego dostał bezpłatny urlop w MSZ. W lipcu 2010 roku po zwycięstwie Bronisława Komorowskiego w wyborach prezydenckich podał się do dymisji z funkcji wiceszefa BBN. Waszczykowski pełnił także funkcje p.o. szefa Biura Łącznikowego RP przy NATO (1997) oraz zastępcy Przedstawiciela RP przy NATO (1997-1999). W latach 1999-2002 był ambasadorem RP w Iranie. W 2003 roku pracował w Departamencie Strategii i Planowania Polityki Zagranicznej MSZ, w 2005 roku był zastępcą dyrektora w Departamencie Afryki i Bliskiego Wschodu. Jest absolwentem Wydziału Filozoficzno-Historycznego Uniwersytetu Łódzkiego oraz Wydziału Stosunków Międzynarodowych University of Oregon. Odbył także studia podyplomowe na temat bezpieczeństwa międzynarodowego i kontroli zbrojeń w Graduate Institute of International Studies w Genewie.