Prokuratura wystąpiła do sądu o jego aresztowanie. Wachowski podczas przesłuchania nie przyznał się do zarzucanych mu czynów. Agencja Bezpieczeństwa Wewnętrznego rano zatrzymała Wachowskiego w jego domu w Piasecznie pod Warszawą; na zlecenie Prokuratury Apelacyjnej w Łodzi. Wieczorem zakończyło się przesłuchanie podejrzanego - poinformował rzecznik PA w Łodzi Wojciech Górski. Wachowski podejrzany jest także o próbę oszukania na milion złotych biznesmenów spod Łodzi i ukrywanie tajnych dokumentów. Wachowskiemu grozi do 10 lat pozbawienia wolności. Po południu najpierw ABW, a potem prokuratura podały, że Wachowski od sierpnia 2002 do kwietnia 2003 r. usiłował wyłudzić od przedsiębiorców zajmujących się handlem i przechowywaniem zbóż 2 mln zł, a następnie 1,5 mln zł. Za ich otrzymanie obiecał - wprowadzając przedsiębiorców w błąd - doprowadzić do uchylenia aresztu zastosowanego przez Prokuraturę Okręgową w Gorzowie Wlkp. wobec jednego z tych przedsiębiorców. W efekcie, miał wyłudzić od brata osadzonego 15 tys. zł. Zatrzymanie było konsekwencją prowadzonego przez ABW, pod nadzorem łódzkiej prokuratury, śledztwa w sprawie przyjmowania korzyści majątkowych i powoływania się na wpływy. Postępowanie wszczęto po doniesieniu dwóch znanych biznesmenów z podłódzkiego Rzgowa - braci G., właścicieli hal targowych. Doniesienie związane było również ze sprawą sponsorowania przez nich sportowej spółki SPN Widzew SSA. Wachowski został już raz zatrzymany przez ABW w tej sprawie we wrześniu 2005 r. - wypuszczono go po jednym dniu. Postawiono mu wówczas zarzuty płatnej protekcji. Łódzka prokuratura zmieniła ten zarzut na usiłowanie popełnienia oszustwa. B. ministrowi postawiono już w 2005 roku także zarzut ukrycia w miejscu swojego zamieszkania dokumentów z Kancelarii Prezydenta, którymi nie miał prawa rozporządzać. Część z nich opatrzona była klauzulą "tajne" i "poufne". Wałęsa oświadczył, że zatrzymanie Wachowskiego to "polowanie" na b. szefa jego gabinetu, wykonane na zlecenie braci Lecha i Jarosława Kaczyńskich. B. prezydent zapowiada jednak, że Wachowski nie może liczyć na jego pomoc, jeśli złamał prawo. Koordynator służb specjalnych Zbigniew Wassermann zapowiedział, że w śledztwie zajdzie teraz "istotna" zmiana. Pytany o komentarz do słów Wałęsy, że zatrzymanie ma charakter polityczny, powiedział, że Wałęsa "nie po raz pierwszy to mówi". - W stosunku do sprawców, którzy wywodzą się z elit władzy, środowiska polityków, bardzo trudno jest wyegzekwować odpowiedzialność prawną. Myślę, że już czas, żeby z tym skończyć i to jest właśnie taki przypadek - dodał. Premier Jarosław Kaczyński nie chciał komentować sprawy. - W tej sprawie nic nie odczuwam - powiedział. Pytany, jak odnosi się do zatrzymania Wachowskiego po tym, jak jego brat przegrał proces o zniesławienie Wałęsy i Wachowskiego, premier odparł, że to "nie był proces, to była komedia". Wieczorem "Wprost" na swojej stronie internetowej podał, że Wachowski domagał się łapówki od biznesmena irackiego pochodzenia Hassana Al-Zubaidiego, który jest jednym z bohaterów tzw. "afery zbożowej" rozpracowywanej przez prokuraturę w Jeleniej Górze. Według tygodnika, Wachowski mówił, że część pieniędzy z łapówki trafi do ówczesnego premiera Leszka Millera. B. premier wyśmiał te doniesienia. Prokurator krajowy Janusz Kaczmarek stwierdził, że nie ma materiału dowodowego na związki Wachowskiego z Millerem. W październiku 2005 r. ruszył inny proces Wachowskiego oskarżonego o złożenie fałszywych zeznań przed prokuraturą, za co grożą 3 lata więzienia. Proces bezterminowo odroczono.