We wrześniu 2006 r. Wąsacz został zatrzymany przez policję na zlecenie Prokuratury Apelacyjnej w Gdańsku, która postawiła mu wtedy zarzuty, zagrożone karą do 10 lat więzienia. Wąsacz nie przyznał się do winy; mówił o politycznym tle sprawy. Powodem zatrzymania miała być informacja o próbie jego rzekomej ucieczki za granicę. Wąsacz przyznawał, że miał zamiar opuścić kraj: chciał jechać na wycieczkę z wnukiem i synem do Tybetu. Później sąd uznał jego zatrzymanie za bezzasadne, a Wąsacz wywalczył odszkodowanie z tego tytułu. Ówczesny RPO Janusz Kochanowski pisał wtedy do KGP, że "dokonywanie czynności przed kamerami stacji telewizyjnych, jak w przypadku zatrzymania b. ministra skarbu Emila Wąsacza, nie znajduje żadnego uzasadnienia w celu prowadzonych działań". Akt oskarżenia Prokuratura Apelacyjna w Gdańsku sporządziła w 2010 r. Według śledczych, nadzorując w 1999 r. przebieg prywatyzacji PZU, Wąsacz akceptował działania w celu osiągnięcia korzyści majątkowej przez Eureko oraz BIG Bank Gdański, co miało przynieść szkodę interesowi publicznemu. Zdaniem śledczych Wąsacz m.in. nie podjął działań, które dawałyby możliwość uzyskania wyższej ceny za sprzedawane akcje PZU i doprowadził do wyboru w procesie prywatyzacji oferty, która "nie była najkorzystniejsza i która nie spełniała najpełniej celów i oczekiwań Skarbu Państwa oraz potrzeb spółki PZU, a także doprowadził do przyjęcia niekorzystnych dla Skarbu Państwa postanowień umowy sprzedaży". "Naruszenie zasad uczciwości i konkurencyjności" Śledczy zarzucili Wąsaczowi m.in., że przy sprzedaży akcji PZU odstąpił od negocjacji równoległych z dwoma oferentami: firmą AXA oraz konsorcjum Eureko i BiG BG, i prowadził negocjacje wyłącznie z drugim z oferentów. Jak zauważyli śledczy, b. szef resortu nie zaprosił do negocjacji firmy AXA nawet wtedy, gdy w czasie przewidzianym na wyłączne negocjacje z konsorcjum Eureko i BiG BG nie udało się ustalić zasadniczych elementów umowy sprzedaży akcji. Zdaniem śledczych Wąsacz "naruszył też zasady uczciwości i konkurencyjności", nie pytając AXA o to, jak wpłynęłoby na ofertę tej firmy ewentualne przyznanie jej (jak to miało miejsce w przypadku konsorcjum Eureko i BiG BG) roli inwestora strategicznego. Kolejny zarzut śledczych dotyczy tego, że w negocjacjach z konsorcjum Eureko i BiG BG najpierw ustalono cenę, a dopiero później miano negocjować wpływ konsorcjum na zarządzanie PZU. W 2012 r. Sąd Apelacyjny w Warszawie podtrzymał decyzję SO o zwrocie prokuraturze aktu oskarżenia. Troje sędziów SA uznało wtedy, że materiał zgromadzony przez prokuraturę w 700 tomach akt ma "rażące braki" i został "zachwaszczony". SA wymienił m.in. nieprzetłumaczenie na język polski 11,7 tys. stron akt; brak poświadczeń za zgodność kilkuset dokumentów i brak analizy 1800 stron billingów. - Prokurator ma zdecydować, czy te wszystkie materiały w ogóle są przydatne; a może to są śmieci, które trzeba wyrzucić z akt sprawy? - mówił sędzia SA Jerzy Leder. - Prokuratura naraża nas wszystkich na koszty, kierując ponowny akt oskarżenia w sprawie, która nie ma szans w sądzie - mówił w 2013 r. obrońca Wąsacza mec. Grzegorz Długi (w październiku br. został wybrany na posła z listy Kukiz'15). Według niego żaden zarzut nie jest wystarczająco udokumentowany, a prokuratura tylko nieznacznie "odchudziła" akta. - Nadal jest tam jednak wiele rzeczy niemających niczego wspólnego ze sprawą - dodał. Ponowny akt oskarżenia Pod koniec 2013 r. gdańska prokuratura skierowała ponownie do sądu akt oskarżenia. Akta uzupełniono i uporządkowano, m.in.: dodano brakujące tłumaczenia; analizy zestawień połączeń telefonicznych oraz transakcji bankowych. Zmniejszono liczbę dokumentów, które mają być przedstawione w procesie. Według rzecznika prokuratury sprawa karna przedawni się w 2024 r. Zdaniem mec. Długiego, termin przedawnienia zależy od tego, jaką ostatecznie kwalifikację prawną przyjmie sąd (prokuratura stawia mu zarzut z art. 231 par. 2 Kodeksu karnego - za co grozi do 10 lat więzienia). Adwokat kwestionuje taką kwalifikację prawną. Zarazem podkreśla, że Wąsacz jest zainteresowany uniewinnieniem, a nie umorzeniem sprawy z powodu przedawnienia. W 2014 r. Sąd Apelacyjny w Warszawie odmówił przekazania sprawy z SR do SO. Jak napisało troje sędziów SA, wniosek SR o przekazanie sprawy ze względu na jej "szczególną wagę i zawiłość" nie jest zasadny. SA nie podzielił stanowiska SR, że jest to "sprawa bądź to szczególnie zawiła, bądź o szczególnej wadze". Według SA wyznacznikami "szczególnej wagi" nie mogą być argumenty SR. Powoływał się on na argumenty "obszerności postępowania przygotowawczego" (103 tomów akt bez załączników), "skomplikowania pod względem merytorycznym jak i dowodowym", a także na to, że zarzuty "wywołują znaczne zainteresowanie medialne zarówno wśród opinii publicznej, jak i w sektorze finansowym". Przed Trybunałem Stanu W 2005 r. Sejm IV kadencji przyjął uchwałę o pociągnięciu Wąsacza do odpowiedzialności przed Trybunałem Stanu za domniemane nieprawidłowości przy prywatyzacji PZU, TP S.A. i Domów Towarowych "Centrum". Komisja uznała, że sprzedaż pakietu akcji PZU Eureko w 1999 r. doprowadziła do problemów, w tym rozpraw przed międzynarodowym trybunałem arbitrażowym. Uznano też, że wycena DT Centrum była zaniżona. W przypadku prywatyzacji TP S.A. Wąsacz miał niekorzystnie wybrać firmę doradczą, co miało doprowadzić do ok. 25 mln zł strat. Podczas pierwszej rozprawy w 2006 r. TS uznał, że dokumenty Sejmu nie spełniały warunków prawnych aktu oskarżenia. W 2007 r. sprawa wróciła do TS. Wobec końca kadencji Sejmu proces Wąsacza formalnie się nie zaczął. W 2012 r. Sejm miał powołać posła PO Jerzego Kozdronia (dziś wiceministra sprawiedliwości) na oskarżyciela sejmowego ws. Wąsacza, poseł wyraził zgodę, ale poprosił o zwłokę w głosowaniu nad jego powołaniem, by mógł się zapoznać ze sprawą. Do głosowania nie doszło. Od tego czasu Sejm nie wyznaczył swego oskarżyciela przed TS. W 2014 r. ówczesny szef sejmowej komisji odpowiedzialności konstytucyjnej Andrzej Halicki (PO) zwracał uwagę, że sprawa odpowiedzialności konstytucyjnej Wąsacza może być przedawniona. Adwokat Wąsacza mówi zaś, że sprawa przed TS jest już przedawniona.