Wątpliwości zaczęły pojawiać się już w 2011 r. po analizie przesłanej do Polski rosyjskiej dokumentacji. Część rodzin zaczęła domagać się ekshumacji i ponownego przebadania zwłok ich bliskich - z takim wnioskami wystąpili do prowadzącej wówczas śledztwo prokuratury wojskowej m.in. bliscy legendarnej działaczki solidarności Anny Walentowicz, bliscy Zbigniewa Wassermanna i wdowa po wiceministrze kultury Magdalena Merta. Obawy dotyczyły zarówno możliwej zamiany ciał, jak i - co podnosiła część bliskich - ewentualnego zbezczeszczenia zwłok. Media nieoficjalnie informowały o przypadkach zaszycia w ciałach ofiar ziemi, gumowych rękawic czy niedopałków papierosów. Ostatecznie śledczy zdecydowali o przeprowadzeniu dziewięciu ekshumacji. Ponownie przebadano ciała tych osób, w przypadku których stwierdzono duże rozbieżności w przygotowanej przez Rosjan dokumentacji: m.in. Walentynowicz, Wassermanna, prezesa IPN Janusza Kurtyki i wicepremiera w rządzie PiS Przemysława Gosiewskiego. O rozmiarze tych rozbieżności świadczyły m.in. wypowiedzi rodzin ekshumowanych - Małgorzata Wassermann (córka polityka) ujawniała wówczas, że w dokumentacji dotyczącej jej ojca opisano narządy, które wycięto mu 20 lat wcześniej. Podczas ekshumacji stwierdzono, że sześć ciał zostało złożonych w nie swoich grobach - tak było m.in. z Anną Walentynowicz oraz prezydentem na uchodźstwie Ryszardem Kaczorowskim. Biegli, którzy wówczas przeprowadzali badania ocenili, że błędy są w 90 proc. rosyjskiej dokumentacji medycznej. Jak ujawnili prokuratorzy, nieprawidłowości polegały m.in. na braku opisów stanu po przebytych zabiegach medycznych; w przypadku kilkudziesięciu osób błędnie były rozpoznane obrażenia, u części ich nie opisano, u innych opisano te, których nie było. Śledczy stwierdzili ponadto, że Rosjanie w kilkudziesięciu przypadkach zaniechali wykonania niektórych czynności sekcyjnych. Ta sprawa wyjaśniana jest obecnie w jednym z siedmiu postępowań dot. wydarzeń w Smoleńsku, prowadzonym przez prokuratorów Prokuratury Krajowej. Dotyczy ono poświadczenia nieprawdy w protokołach sekcji zwłok sporządzonych przez biegłych z Rosji, jak również znieważenia zwłok ofiar katastrofy. Na początku kwietnia ubiegłego roku śledztwo smoleńskie, od zlikwidowanej prokuratury wojskowej przejęła Prokuratura Krajowa. Już w czerwcu prokuratorzy poinformowali, że konieczne jest przeprowadzenie ekshumacji pozostałych 83 ofiar katastrofy (cztery zostały skremowane - PAP). Decyzję tą uzasadniano zarówno błędami w rosyjskiej dokumentacji medycznej i brakiem dokumentacji fotograficznej jak i faktem, że Rosja nie zgodziła się na przesłuchanie rosyjskich biegłych, którzy na miejscu przeprowadzali sekcję zwłok. Kolejne ekshumacje rozpoczęły się w połowie listopada 2016 r. Jako pierwszych ekshumowano Lecha i Marię Kaczyńskich. Do końca grudnia ubiegłego roku ekshumowano w sumie 11 osób, choć planowano początkowo 10. Wynikało to z wykrycia jednej zamiany ciał - podsekretarza stanu w Kancelarii Prezydenta Lecha Kaczyńskiego Mariusza Handzlika i b. prezesa PKOI Piotra Nurowskiego. Wśród ekshumowanych znaleźli się też Stefan Melak - (jego tożsamość mimo wcześniejszych wątpliwości rodziny została potwierdzona - PAP), Tomasz Merta, Aleksander Szczygło, Edward Duchnowski, Janina Natusiewicz-Mirer, Ewa Bąkowska i Dariusz Michałowski. Po dwóch miesiącach przerwy, w marcu ruszył kolejny etap ekshumacji. Ekshumowano sześć osób z grobów: Andrzeja Przewoźnika, Natalii Januszko, Wojciecha Seweryna, Aleksandry Natalli-Świat, oraz mec. Stanisława Mikkego i jedną, której nazwisko, ze względu na prośbę rodziny, nie jest ujawniane. W kwietniu ekshumowano kolejne dwa ciała z grobów generałów Bronisława Kwiatkowskiego i Włodzimierza Potasińskiego. Prokuratura nie ujawnia żadnych szczegółów. Poinformowano jedynie, że w trakcie przeprowadzanych od listopada ekshumacji stwierdzono dwa przypadki zamiany ciał, a w pięciu trumnach znaleziono szczątki innych osób. Zlecone przez PK badania przeprowadza 14-osobowy międzynarodowy zespół ekspertów. Znajdują się w nim m.in. trzy osoby z Uniwersyteckiego Centrum Medycyny Sądowej w Lozannie-Genewie (Szwajcaria), jedna z uniwersytetu w Coimbra w Portugalii, oraz dwóch profesorów z Odense (Dania). Resztę zespołu tworzą eksperci z Krakowa, Warszawy, Lublina. Podczas każdej z ekshumacji sprawdzana jest nie tylko tożsamość ofiary katastrofy, pobierane są też próbki do Biegli przeprowadzają sekcje zwłok, tomografie, pobierają próbki do badań DNA, histopatologicznych, toksykologicznych i fizykochemicznych. Już na początku marca br. PK poinformowała, że ekshumacje nie zakończą się w 2017 r. Zgodnie z ujawnionym ostatnio przez prokuratorów planami do końca roku ma zostać ekshumowanych w sumie 46 osób (uwzględniając marcowe i kwietniowe ekshumacje pozostało jeszcze 38 - PAP), z kolei w 2018 r. - 26. Decyzje o ekshumacjach spotkały się też ze sprzeciwem części rodzin ofiar. Do Prokuratury Krajowej wpłynęły zażalenia, skargi i wnioski o uchylenie postanowień ws. ekshumacji. Prokuratura od początku stoi jednak na stanowisku, że przepisy Kodeksu postępowania karnego nie przewidują możliwości złożenia zażalenia na decyzję o ekshumacjach. W październiku 2016 r. ponad 200 osób, członków rodzin 17 ofiar, zaapelowało w liście otwartym o powstrzymanie ekshumacji ich bliskich. Część rodzin wystąpiła też do sądów. W miniony poniedziałek Sąd Okręgowy w Warszawie wydał postanowienie ws. skarg złożonych przez Pawła Deresza, Małgorzatę Rybicką, Ewę Solską, Krystynę Łuczak-Surówkę oraz Barbarę Dolniak na zapowiedź ekshumacji ciał ich bliskich. Zdecydował, że zapyta Trybunał Konstytucyjny, czy brak w prawie możliwości zaskarżenia decyzji prokuratury o zarządzeniu ekshumacji jest zgodny z Konstytucją. Zwrócił się też do prokuratury o przesunięcie na jak najdalszy termin ewentualnych ekshumacji, co do których zgłoszono zażalenia. Prokuratura Krajowa zapowiedziała odniesienie się do pytania sądu w piśmie do TK. "Prawo nie dopuszcza możliwości odstąpienia od sekcji zwłok i oględzin ekshumowanego ciała" - oświadczyła. Zapewniła równocześnie, że uwzględni apel sądu w zakresie jak najdalszego terminu ekshumacji w przypadku tych pięciu osób. Patrycja Rojek-Socha