Budowę obozu zagłady "SS - Sonderkommando Sobibór" Niemcy rozpoczęli w marcu 1942 r. w ramach "Akcji Reinhard", której celem była zagłada ludności żydowskiej. Na jego miejsce wybrano obszar położony wśród bagien i lasów, w pobliżu linii kolejowej Włodawa-Chełm, oddalony około 4 km od wsi Sobibór. Do obozu zbudowano bocznicę kolejową. Nadzór nad pracami sprawował kierownik Zarządu Budowlanego SS i policji w Zamościu, SS-Hauptsturmfuehrer Richard Thomala. W kwietniu 1942 r. komendantem obozu w Sobiborze mianowany został SS-Obersturmfuehrer Franz Stangl. We wrześniu tego roku na stanowisku tym zastąpił go SS-Hauptsturmfuehrer Franz Reichleitner. Stangl objął funkcję komendanta obozu w Treblince. Niemiecka załoga obozu w Sobiborze składała się z dwóch oficerów i około trzydziestu podoficerów, z których połowa przebywała na rotacyjnych urlopach. Oprócz nich obozu pilnowało około 120 ukraińskich strażników. Teren samego obozu podzielono na kilka części. W obozie I były baraki mieszkalne i kuchnia dla więźniów oraz różnego rodzaju warsztaty, w których około 50 Żydów pracowało na potrzeby Niemców. W obozie II pracowało około 400 więźniów, w tym około 100 kobiet. Znajdowały się w nim magazyny, w których przechowywano rzeczy odebrane zamordowanym, a także budynek administracyjny oraz niewielkie gospodarstwo rolne. Do tej części obozu przybywali Żydzi z transportów. Tu rozbierali się i stąd wyruszali do komór gazowych drogą nazywaną przez Niemców "Himmelfahrtstrasse" ("Drogą do Nieba"). Obóz III był miejscem zagłady. Tu znajdowały się komory gazowe. W Sobiborze początkowo działały trzy komory gazowe, jednak jesienią 1942 r. zwiększono ich liczbę do sześciu. Pierwsze transporty kolejowe z ludnością żydowską trafiły do Sobiboru pod koniec kwietnia 1942 r. Ogromna większość Żydów była mordowana przez Niemców tuż po przybyciu do obozu. Tylko nielicznych wybierano do pracy w specjalnych komandach. Osoby starsze i chore przewożono na terem obozu III i tam je rozstrzeliwano. Pozostałym, po selekcji przeprowadzanej na rampie, kazano rozbierać się pod pozorem kąpieli. Kobietom obcinano włosy. Następnie nagich, podzielonych na grupy 50-100 osobowe, kierowano do komór gazowych. Nad wejściem do nich znajdowała się Gwiazda Dawida i napis "Łaźnia". Uśmiercani spalinami z motoru diesla, dusili się w wielkich męczarniach przez 15-20 minut. Ciała pomordowanych wyciągano z komór i przeszukiwano w celu znalezienia ukrytych kosztowności. Następnie wrzucano je do masowych grobów znajdujących się na terenie obozu III. Od jesieni 1942 r. palono je na specjalnych rusztach zrobionych z szyn kolejowych, a prochy wysypywano do dołów. Na przełomie lipca i sierpnia 1943 r. w obozie powstała konspiracyjna grupa, którą kierował Leon Feldhendler, były prezes Judenratu w getcie w Żółkiewce. W drugiej połowie września w jednym z ostatnich transportów z Mińska do Sobiboru przywieziono sowieckich jeńców pochodzenia żydowskiego. Wśród nich znalazł się por. Aleksander (Sasza) Peczerski, który stanął na czele tajnej obozowej organizacji. 14 października 1943 r. w obozie zagłady w Sobiborze wybuchł zbrojny bunt więźniów. W rozmowie przeprowadzonej po wojnie z Saszą Peczerskim przez Thomasa Toiviego Blatta i opublikowanej w książce "Z popiołów Sobiboru", przywódca buntu, pytany o wiarę w sukces podjętej wówczas walki mówił: "Nie mieliśmy wyboru. Walka dawała nam szansę, bardzo słabą, ale wciąż szansę, nadzieję. Tutaj byliśmy skazani na śmierć. Jako żołnierz zdawałem sobie sprawę, że atak z zaskoczenia może być tak samo skuteczny jak dywizja żołnierzy. Wiedziałem, że jeżeli zdołamy utrzymać tajemnicę do ostatniej chwili przed wybuchem, to powstanie będzie sukcesem już w osiemdziesięciu procentach. Największym niebezpieczeństwem była zdrada. Z tego powodu do spisku włączyliśmy tylko kilkudziesięciu pewnych więźniów, na których mogliśmy polegać. Biorąc to pod uwagę, nie jest zadziwiające, że wielu ludziom udało się początkowo uciec. Sukces naszego przedsięwzięcia był zaskoczeniem nawet dla mnie. Kiedy zastanawiałem się nad tym później, to doszedłem do wniosku, że hitlerowcy po prostu zlekceważyli nas, Żydów, ulegając własnej indoktrynacji o 'podludziach'". W chwili rozpoczęcia buntu w obozie przebywało około 550 więźniów. Podczas walki oraz na polach minowych otaczających obóz zginęło około 80. Uciekło około 300. Wielu z nich Niemcy schwytali jednak w czasie pościgu i zamordowali. Wojnę przeżyło 53 uciekinierów. W trakcie buntu zabitych zostało 10 esesmanów, dwóch volksdeutschów wartowników i dziewięciu strażników ukraińskich. Konsekwencją buntu żydowskich więźniów w Sobiborze była decyzja o likwidacji obozu. Komory gazowe zostały wysadzone w powietrze, a baraki i ogrodzenia rozebrano. Na terenie obozu posadzono sosnowy las. Liczba wszystkich ofiar obozu zagłady w Sobiborze nie jest znana. Szacuje się, iż do października 1943 r. Niemcy wymordowali w nim co najmniej 250 tys. Żydów pochodzących głównie z Polski, ale również z Holandii, Czechosłowacji, okupowanych terenów Związku Sowieckiego, Niemiec i Francji, a także około 1000 Polaków. Główny proces nazistowskich oprawców z Sobiboru rozpoczął się dopiero w 1964 r. przed niemieckim sądem w Hagen. Najwyższy wyrok, spośród trzynastu oskarżonych o zbrodnie przeciwko ludzkości, otrzymał Karl Frenzel, jeden z najbardziej okrutnych zbrodniarzy Sobiboru. Skazany został na karę dożywotniego więzienia. W 1996 r. zwolniono go jednak ze względu na zły stan zdrowia. Jeden z oskarżonych, Kurt Bolender, popełnił samobójstwo przed ogłoszeniem wyroku. Czterech innych członków obozowej załogi otrzymało wyroki od ośmiu do trzech lat pozbawienia wolności. Pozostałych uniewinniono. Franz Paul Stangl - komendant obozu w Sobiborze od kwietnia do września 1942 r., pełniący następnie funkcję komendanta obozu w Treblince, po zakończeniu wojny uciekł do Austrii. Aresztowany przez armię amerykańską zbiegł. Zatrzymano go ponownie dopiero w 1967 r. w Sao Paulo. Wyrokiem sądu w Duesseldorfie w 1970 r. skazany został na dożywotnie więzienie. Pół roku później zmarł na zawał serca. Następca Stangla w Sobiborze Franz Reichleitner nie przeżył wojny. Po buncie więźniów i likwidacji obozu przeniesiono go do Włoch, gdzie zginął w 1944 r. Z kolei Gustav Wagner, sadystyczny esesman i jeden z najbliższych współpracowników Stangla w Sobiborze, zbiegł po wojnie do Brazylii. Aresztowano go tam w 1978 r., jednak Sąd Najwyższy Brazylii oddalił wniosek niemieckiej prokuratury o jego ekstradycję. W 1980 r. Wagner popełnił samobójstwo.