Szmajdziński zginął w katastrofie prezydenckiego samolotu pod Smoleńskiem. Na jego pogrzebie zebrali się przedstawiciele najwyższych władz państwowych, Sejmu i setki warszawiaków. Mszy św. w Katedrze Polowej Wojska Polskiego przewodniczył metropolita gdański abp Sławoj Leszek Głódź. Przy urnie z prochami zmarłego asystę honorową pełnili żołnierze Kompanii Reprezentacyjnej Wojska Polskiego. - Polityka nie musi dzielić - może łączyć pod warunkiem, że uprawiają ją ludzie tacy jak Jurek Szmajdziński, ludzie pełni umiaru, pełni współodpowiedzialności za całość spraw Polski. Ludzie, którzy mają życzliwość wobec innego człowieka - mówił podczas uroczystości marszałek Sejmu Bronisław Komorowski, który pełni obowiązki prezydenta. Wspominał, że on i Jerzy Szmajdziński wywodzili się z różnych tradycji politycznych, różnych systemów, jednak przez 20 lat szli "równolegle przez polską politykę". - Szliśmy równolegle bardzo podobną drogą: obaj byliśmy posłami, sekretarzami generalnymi, obaj przewodniczącymi komisji, marszałkami, ministrami obrony narodowej i wiceprzewodniczącymi. Pewnie, gdyby ta droga trwała jeszcze dłużej, obaj byśmy kandydowali podczas następnych wyborów - mówił Komorowski. Podkreślił, że ich wspólna droga przez 20 lat to "już nie dwie ścieżki - jedna po lewej stronie, druga po prawej". - Dzisiaj widać, że to wszystko razem to jedna, wspólna polska droga, przez te 20 lat Polski niepodległej (...) Wiele razy te nasze ścieżki się spotykały, wiele razy się z Tobą przecinałem, wiele razy tworzyłem właśnie naszą drogę (...) Chciałem Ci Jurku za to bardzo podziękować. Chciałem bardzo podziękować za to, co dotąd spotykało nas razem - powiedział marszałek Sejmu. Abp Głódź mówił z kolei, że Szmajdziński reprezentował spokojny nurt lewicy. W SLD, w którym był wiceprzewodniczącym - przypomniał metropolita - "brał osobisty i czynny udział we wszystkich procesach i inicjatywach, które miały zmienić lewicę w nowoczesną, europejską partię". - Skupiony na problemach społecznych, nie jątrzył i nie ranił. Nie był agresywnym ideologiem, starającym się przebudować świat na siłę, w myśl własnych projektów, nie pytając czy ci, których to dotyczy, takiego kierunku przemian sobie życzą - mówił abp Głódź. W jego ocenie, lewicowość w wydaniu Szmajdzińskiego "nie stawała się synonimem agresywnego ateizmu i antyklerykalnej neurozy". - Był na to człowiekiem zbyt inteligentnym i pozbawionym ideologicznego zacietrzewienia - dodał. I - jak zaznaczył gdański metropolita - był politykiem, który chciał, mimo ideowych różnic, budować harmonię społeczną w imię wartości nadrzędnych, dobra wspólnego, dobra Polski i jej rozwoju. Abp Głódź wspominał też czasy, kiedy pełnił funkcję biskupa polowego Wojska Polskiego. -(Szmajdziński) miał w sobie sumienie obywatelskie - takiego go zapamiętałem, takiego go poznawałem, kiedy zbliżyło nas wojsko. Jak wiadomo pełnił służbę ministra obrony narodowej, a ja - biskupa polowego. Kiedy rozstawałem się z wojskiem, pięć lat temu, jemu meldowałem - świętej pamięci ministrowi Jerzemu Szmajdzińskiemu: "panie ministrze biskup polowy melduje zakończenie służby w Wojsku Polskim". I przyznam, że głos uwiądł mi w gardle. I to było jakby pierwsze rozstanie, a on nigdy nie ukrywał swojej sympatii do wojska - wspominał arcybiskup. Bronisław Komorowski odznaczył pośmiertnie Szmajdzińskiego Krzyżem Komandorskim z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski. Obok najbliższej rodziny Szmajdzińskiego - jego żony Małgorzaty i dzieci, w mszy uczestniczyli także minister obrony Bogdan Klich, pełnomocnik rządu ds. równego traktowania Elżbieta Radziszewska, były prezydent Aleksander Kwaśniewski z żoną Jolantą, wicemarszałek Sejmu Stefan Niesiołowski, b. premier Tadeusz Mazowiecki, gen. Marek Dukaczewski, gen. Wojciech Jaruzelski.