Postępowanie od 1997 r. było prowadzone w prokuraturze, a w 2001 r. przejęła je Oddziałowa Komisja Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu w Krakowie. Dotyczyło ono dwóch wątków. Jeden to spowodowanie obrażeń ciała - ran postrzałowych u dwóch demonstrantów i narażenia innych uczestników manifestacji na utratę życia lub ciężki uszczerbek na zdrowiu. Drugi to przekroczenie uprawnień i polecenie siłowego stłumienia manifestacji przez przedstawicieli Komitetu Wojewódzkiego PZPR oraz Komendy Wojewódzkiej MO w Krakowie. Zeznania 116 świadków Jak powiedział prok. Łukasz Gramza z Oddziałowej Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu w Krakowie w trakcie postępowania zgromadzono zeznania 116 świadków - uczestników manifestacji oraz osób, które widziały tamte zdarzenia. Prokuratorzy korzystali także z archiwalnych dokumentów MO i SB, organów PZPR, dokumentacji lekarskiej oraz opinii biegłych. - Śledztwo zostało umorzone, bo osoby decydujące o użyciu siły wobec demonstrantów od dłuższego czasu nie żyją. Nie udało się także ustalić tożsamości tych funkcjonariuszy MO, którzy strzelali do pokrzywdzonych. Wydarzenia były dynamiczne i działy się w różnych porach dnia, a na dodatek do Krakowa ściągnięto odwody milicji z różnych miast, więc ustalenie tożsamości milicjantów, którzy brali czynny udział w biciu demonstrantów, było wyjątkowo trudne - powiedział prok. Gramza. "Strzelałrm w powietrze, na postrach" Dodał, że w śledztwie przesłuchano funkcjonariusza ZOMO, który przyznał się do użycia broni w trakcie manifestacji. - Twierdził on, że strzelał w powietrze, na postrach. Nie udało się nam podważyć tych zeznań i udowodnić, że to akurat on mógł spowodować obrażenia u pokrzywdzonych - powiedział prok. Gramza. Według prokuratorów, zgromadzony w postępowaniu materiał dowodzi, że przedstawiciele komunistycznych władz byli całkowicie zdezorientowani przed rozpoczęciem zajść i później, a ich reakcja na to, co się stało była chaotyczna. Władze Komitetu Wojewódzkiego i Miejskiego PZPR oraz Komendy MO tego samego dnia - 27 kwietnia 1960 r. - najpierw zdecydowały, że przed 1 maja nie należy usuwać krzyża i interweniować wobec gromadzących się wokół niego ludzi, a kilka godzin później uzgodnił działania milicji "przy użyciu wszystkich sił i środków (bez użycia broni)". Byli agresywni i brutalni - bili demonstrantów W opinii śledczych funkcjonariusze MO i ZOMO przystąpili do działania w sposób bardzo agresywny i brutalny - bili demonstrantów, używali wobec nich psów służbowych i środków chemicznych, strzelali z broni palnej w warunkach, w których mogło to doprowadzić do powstania u trudnej do oszacowania grupy demonstrantów obrażeń ciała bezpośrednio zagrażających ich życiu. - Po manifestacji władzom zależało na tym, by osądzić i ukarać jak najwięcej ludzi. Dobór oskarżonych, sposób stawiania im zarzutów, prowadzenia postępowań był skandaliczny. Zatrzymywane były osoby postronne, które później "rozpoznawali" milicjanci, składając przeciw nim fałszywe zeznania - mówił prok. Gramza. Po zakończeniu zajść w Nowej Hucie zatrzymano 467 osób. Od 27 do 29 kwietnia 1960 r. aresztowano w związku z udziałem w manifestacji i zamieszkach 265 osób. Sąd Powiatowy dla dzielnicy Nowa Huta w Krakowie skazał na kary pozbawienia wolności 66 osób. W zdecydowanej większości były to wyroki od pół roku do dwóch lat więzienia. Kary przekraczające dwa lata więzienia wymierzono 10 oskarżonym. Grzywnami ukarano 116 osób Do Kolegium Karno-Administracyjnego skierowano 166 wniosków o ukaranie za udział w nielegalnym zgromadzeniu, z czego grzywnami ukarano 116 osób, cztery osoby zostały skazane na kary aresztu w wymiarze od 1 do dwóch miesięcy, 10 osób uniewinniono, zaś w stosunku do 41 osób sprawy nie były zakończone. 6 maja 1960 r. w Komendzie Dzielnicowej MO Nowa Huta założono sprawę agenturalnego sprawdzenia o kryptonimie Karły, której jednym z celów było ustalenie inspiratorów zajść z 27 kwietnia 1960 r. W wyniku prowadzonych czynności operacyjnych funkcjonariusze SB doszli do przekonania, że wypadki te nie były przygotowane i zorganizowane wcześniej. Uczestnicy manifestacji oraz osoby zatrzymane w związku z manifestacją często były zwalniane dyscyplinarnie z pracy. Wywierano także naciski na rektorów uczelni, by relegowali zatrzymanych studentów, nawet jeżeli nie wystąpiono wobec nich z aktem oskarżenia. Chcieli, by Nowa Huta była "miastem bez Boga" PRL-owskie władze chciały, żeby Nowa Huta, wzorcowe miasto socjalizmu, była "miastem bez Boga". Jednak po "odwilży" w 1956 r. władze obiecały zgodę na budowę w tej dzielnicy kościoła. W marcu 1957 r. u zbiegu ówczesnych ulic Marksa i Majakowskiego stanął krzyż poświęcony przez metropolitę krakowskiego abp. Eugeniusza Baziaka. Rozpisano konkurs na projekt świątyni. 19 kwietnia 1960 r. proboszcz parafii w Bieńczycach ks. Mieczysław Satora otrzymał pismo z żądaniem usunięcia krzyża. Na działce wytyczonej pod budowę kościoła miała stanąć szkoła w ramach akcji "1000 szkół na Tysiąclecie". 27 kwietnia 1960 r., gdy robotnicy przystąpili do wykopywania krzyża, mieszkańcy stanęli w jego obronie. Były to w większości kobiety.