Dofinansowanie przewiduje uchwalona 3 kwietnia przez Sejm nowelizacja ustawy Program "Budowa Kampusu 600-lecia Odnowienia Uniwersytetu Jagiellońskiego". Projekt nowelizacji zgłosił rząd, przewidywał w nim jednak, że dofinansowanie wyniesie ok. 100 mln zł. Tymczasem Sejm, w czasie prac nad projektem, zwiększył kwotę dofinansowania o ponad 200 mln zł. Jak powiedziała minister nauki i szkolnictwa wyższego Barbara Kudrycka na konferencji prasowej w Sejmie, decyzja Senatu wpisuje się w sens państwa demokratycznego. - To świadczy o pluralizmie poglądów. Szanuję decyzję Sejmu i Senatu. Na tym właśnie polega system demokratyczny - powiedziała Kudrycka. Jak jednak zastrzegła, decyzja ta spowoduje problemy dla kierownictwa UJ. - Będzie to stwarzać dużo więcej problemów logistycznych kierownictwu Uniwersytetu Jagiellońskiego, bowiem każda zmiana będzie musiała znowu nastąpić w drodze ustawy - mówiła. Minister odniosła się też do zarzutów posłów PiS, że starania rządu o zmianę podjętej przez Sejm decyzji o podwyższeniu dofinansowania są politycznym działaniem, związanym z niedawną sprawą pracy magisterskiej na temat Lecha Wałęsy, napisanej przez absolwenta Wydziału Historii UJ Pawła Zyzaka (na podstawie tej pracy powstała jego książka). - Kontestacje tej ustawy, która przeszła proces legislacyjny w Sejmie przez Senat - a wiadomo, że Senat ma przytłaczającą większość senatorów PO - są zadziwiające, niezrozumiałe; są decyzjami, które mogą sugerować jedno - że jest pewna forma szykan wobec Uniwersytetu Jagiellońskiego za prowadzenie wolnych badań naukowych, w kontekście ostatniej debaty na temat pracy magisterskiej na tym uniwersytecie - mówił Sławomir Kłosowski (PiS) na konferencji prasowej. Kudrycka ripostowała, że "sprawa pana Zyzaka ma się tak do finansowania Uniwersytetu Jagiellońskiego jak wpływ mrówki na układ planet". - Rząd ma pełną świadomość roli jaką spełnia Uniwersytet Jagielloński. Uniwersytet Jagielloński jest jedną z najlepiej zarządzanych uczelni. Nie ma tutaj mowy o żadnej zemście - podkreśliła minister nauki. Wcześniej w środę minister Kudrycka przekonywała senatorów do przywrócenia pierwotnych zapisów nowelizacji. O tym, że taka poprawka została zgłoszona poinformował w środę przed południem senator Marek Rocki (PO), były rektor Szkoły Głównej Handlowej. Ostatecznie jednak Senat w głosowaniu podjął decyzję o przyjęciu nowelizacji bez zmian, skutkiem czego zgłoszona poprawka stała się bezprzedmiotowa. 50 senatorów było za przyjęciem ustawy, 35 głosowało przeciw, 5 wstrzymało się odgłosu. Spośród senatorów należących do klubu Platformy Obywatelskiej za przyjęciem nowelizacji bez poprawek zagłosowali: Stanisław Bisztyga, Andrzej Grzyb, Stanisław Iwan, Paweł Klimowicz, Andrzej Owczarek, Zbigniew Pawłowicz, Antoni Piechniczek, Janusz Sepioł, Eryk Smulewicz, Henryk Woźniak, Jan Wyrowiński i Piotr Zientarski. Nieobecni byli senatorowie PO: Jarosław Duda, Roman Ludwiczuk, Andrzej Person, Marek Trzciński, Mariusz Witczak, Krzysztof Zaremba i Marek Ziółkowski. Od głosu wstrzymali się natomiast: Krystyna Bochenek, Krzysztof Kwiatkowski, Zbigniew Szaleniec i Michał Wojtczak.