Wniosek w tej sprawie złożyła w grudniu 2010 r. rzecznik praw obywatelskich Irena Lipowicz. Obecnie nie obowiązują już zakwestionowane przez nią przepisy dotyczące zwrotu majątku Kościołowi katolickiemu, nadal natomiast obowiązuje przepis dotyczący zwrotu majątku gminom żydowskim, który, zdaniem rzecznik, jest również niekonstytucyjny. Na wyrok TK czekały samorządy pokrzywdzone decyzjami Komisji (m.in. miasto Kraków). Naczelny Sąd Administracyjny zawiesił bowiem odpowiedź na pytanie prawne, czy sądy administracyjne mogą w ogóle rozpatrywać skargi na orzeczenia Komisji, czekając na wyrok TK. Wcześniej sądy administracyjne uznawały, że nie mogą badać takich skarg. Wyrok TK może też mieć znaczenie dla innych uregulowań dotyczących zwrotu mienia innym kościołom. W trakcie pierwszej, styczniowej rozprawy przez TK, przedstawiciel RPO powiedział, że rzecznik nie dostał skarg samorządów wobec innych komisji majątkowych, ale dodał, że wyrok miałby znaczenie również dla nich. We wniosku do Trybunału rzecznik zaskarżyła to, że miasta, gminy i powiaty musiały zwracać własne mienie, a nie miały prawa odwołania od takich decyzji Komisji Majątkowej - co do Kościoła katolickiego - oraz Komisji Regulacyjnej ds. Gmin Wyznaniowych Żydowskich. Rzecznik kwestionowała też brak prawa samorządów do uczestniczenia w postępowaniu przed Komisją Majątkową. W trakcie środowej rozprawy przedstawiciel RPO podtrzymał swój wniosek w całości. Z kolei przedstawiciel prokuratora generalnego i reprezentant Sejmu wnosili, by TK umorzył sprawę co do wniosku RPO na brak prawa do odwołań od orzeczeń Komisji Majątkowej. Tak też zrobił Trybunał. Przedstawiciel Sejmu zgodził się natomiast z RPO, że niekonstytucyjne było pozbawienie takiego prawa wobec orzeczeń Komisji Regulacyjnej ds. Gmin Wyznaniowych Żydowskich. Przepisu tego bronił przedstawiciel prokuratora generalnego. Trybunał uznał, że przepis nie jest niezgodny z konstytucją.