Zgodnie z tymi ustawami, uczelnie te są dofinansowywane na takich samych zasadach jak uczelnie publiczne, z wyjątkiem finansowania inwestycji budowlanych. Zdanie odrębne do orzeczenia zgłosiła sędzia Ewa Łętowska, która uznała ustawy za sprzeczne z konstytucją. Trybunał Konstytucyjny w składzie pięcioosobowym rozpatrywał wniosek z listopada 2007 r., złożony przez posłów ówczesnego klubu LiD. Zdaniem wnioskodawców, ustawy o finansowaniu trzech konkretnych uczelni katolickich z budżetu państwa są sprzeczne m.in. z konstytucyjną zasadą równouprawnienia kościołów i innych związków wyznaniowych. Podkreślili oni, że ustawodawca tylko Kościołowi katolickiemu stworzył szczególne preferencje w zakresie dofinansowania szkolnictwa wyznaniowego, jednocześnie nie przewidział żadnych możliwości dofinansowania z budżetu państwa wyższych seminariów duchownych innych kościołów. Wnioskodawcy podnieśli też kwestię niezgodności kwestionowanych ustaw z innymi konstytucyjnymi zasadami: zasadą bezstronności władz publicznych w sprawach przekonań religijnych, światopoglądowych i filozoficznych, zasadą wzajemnej niezależności państwa i związków wyznaniowych, zasadą równości wobec prawa i prawem do równego traktowania przez władze oraz z zasadą niedyskryminacji z jakiejkolwiek przyczyny. Uważają oni także, że ustawy zostały przyjęte w sposób niezgodny z przepisami Konkordatu między Stolicą Apostolską a Rzecząpospolitą Polską. Uzasadniając poniedziałkowe orzeczenie wiceprezes Trybunału, sędzia sprawozdawca w sprawie Janusz Niemcewicz powiedział, że dofinansowanie uczelni wyznaniowych z budżetu państwa nie dotyczy przygotowania osób duchownych do pełnienia przez nich funkcji w Kościele, lecz do odbywanych przez te osoby studiów teologicznych. - Państwo finansuje studia i badania teologiczne, a nie seminaria duchowne wchodzących w skład uczelni kościelnych, co jednak prowadzi w skutkach do zmniejszenia kosztów funkcjonowania seminariów - zaznaczył. Jednocześnie dodał, że są to też uczelnie, które obok osób duchownych kształcą też osoby świeckie w zakresie nauk kościelnych i innych dziedzinach. Sędzia Niemcewicz przypomniał, że filozofia i teologia stanowią odrębne kierunki studiów zarówno na uczelniach publicznych i niepublicznych, są traktowane przez państwo jak inne kierunki studiów czy inne dziedziny wiedzy. Mówił również, że choć kwestionowane przez wnioskodawców ustawy mają charakter imienny - dotyczą konkretnych uczelni - to nie są one odosobnione w polskim systemie prawnym, istnieją bowiem także inne ustawy imienne dotyczące uczelni, np. o utworzeniu konkretnej uczelni publicznej, o nadaniu lub zmianie nazwy konkretnej uczelni czy o ustanowieniu programu wieloletniego finansowania konkretnej uczelni. Odnosząc zaskarżone ustawy do konstytucyjnej zasady równouprawnia kościołów i związków wyznaniowych sędzia sprawozdawca - powołując się na orzeczenie Trybunału z kwietnia 2003 r. - przypomniał, że zasada ta oznacza, że "wszystkie kościoły i związki wyznaniowe posiadające wspólną cechę istotną powinny być traktowane równo", jednocześnie są "odmiennie traktowane kościoły i związki, które nie posiadają wspólnej cechy istotnej z punktu widzenia danej regulacji". Zaznaczył, że za dopuszczalnością różnego traktowania różnych kościołów i związków wyznaniowych przemawia m.in. fakt, że stosunki miedzy nimi i państwem mają regulować ustawy uchwalane na podstawie umów zawieranych między Radą Ministrów a przedstawicielami tych kościołów. Sędzia Niemcewicz zauważył, że "jest rzeczą oczywistą, że stanowienie tych regulacji stanowi proces rozłożony w dłuższym przedziale czasowym. Prawodawca konstytucyjny dopuszcza zatem czasowe różnicowanie wspólnot religijnych do chwili uzyskania przez nie ostatecznego statusu" - zaznaczył. Jak mówił, zasadniczy problem polega nie tyle na przyznaniu dotacji określonym uczelniom katolickim kościelnym, lecz na nieprzyznaniu podobnych dotacji innym uczelniom należącym do innych kościołów i związków wyznaniowych. Dlatego - zdaniem Trybunału - powinna być przygotowana ogólna regulacja ramowa, umożliwiająca dotowanie uczelni wyznaniowych prowadzonych przez inne kościoły. Sędzia sprawozdawca zauważył także, że uczelnie niepubliczne nie stanowią jednolitej kategorii, gdyż różnią się od siebie w sposób istotny, np. jeśli chodzi o rodzaje i ilość kierunków, uprawnienia do nadawania stopni naukowych, czy ze względu na stosunki właścicielskie, oraz że uczelnie są autonomiczne. Dlatego - według Trybunału - nie ma w stosunku do nich zastosowania zasada równego traktowania przez władze. Sędzia Ewa Łętowska, która złożyła zdanie odrębne do wyroku, podkreśliła, że najpierw powinna być uchwalona ustawa ramowa regulująca zasady dotowania uczelni wyznaniowych różnych kościołów, a dopiero później ustawy dofinansowujące poszczególne uczelnie, "tak by wszystkie miały równy start". Dlatego - jak mówiła - kwestionowane ustawy m.in. z tego względu są - jej zdaniem - niekonstytucyjne. Łętowska podkreśliła też konieczność transparentności całego procesu ubiegania się uczelni wyznaniowych o dotacje z budżetu państwa. Komentując poniedziałkowe orzeczenie poseł Ryszard Kalisz (Lewica), który reprezentował wnioskodawców, także zwrócił uwagę na wskazówkę Trybunału dotyczącą ustawy ramowej. - Trybunał dał wskazówkę na przyszłość (...). Wątpię, by większość parlamentarna dziś taką ustawę przygotowała i uchwaliła. To jest dla tej większości kontrproduktywne. Oni chcą sobie wybierać poszczególne szkoły i ustawą kadłubową, imienną doprowadzać do ich finansowania. Myślę, że ten głos Trybunału, i mój zresztą, pozostanie głosem na puszczy - zaznaczył Kalisz. W jego ocenie wybranie i dofinansowanie trzech uczelni, których dotyczyły kwestionowane ustawy, było działaniem czysto politycznym. Wyrok Trybunału Konstytucyjnego jest ostateczny.