Trybunał uznał natomiast, że konstytucję naruszyły niektóre ze szczegółowych przepisów tej nowelizacji odnoszące się m.in. do relacji między ministrem sprawiedliwości a prezesami i dyrektorami sądów. Wejście w życie wyroku w tym zakresie TK odroczył o 18 miesięcy. Zdanie odrębne do wyroku zgłosiło ośmiu sędziów Trybunału. Według Krajowej Rady Sądownictwa, która zaskarżyła nowelizację do TK, zmiany przyjęto z naruszeniem procedury legislacyjnej, gdyż rozpatrywano je w pierwszym czytaniu w Sejmie na posiedzeniu komisji. Tymczasem - jak dodawała KRS - w odniesieniu m.in. do projektów ustaw regulujących ustrój i właściwość władz publicznych pierwsze czytanie powinno zostać przeprowadzone na plenarnym posiedzeniu Sejmu. Uzasadniając orzeczenie, sędzia TK Stanisław Biernat wskazał, że Trybunał podzielił pogląd, iż doszło do naruszenia regulaminu Sejmu. - Naruszenie to należy ocenić krytycznie, ale nie ma podstaw do przyjęcia, że wpłynęło to negatywnie na dalsze prace nad projektem, a pierwszego czytania w ogóle nie było - zaznaczył. W zeszłym tygodniu TK w pełnym składzie przez 10 godzin wysłuchiwał stanowisk stron w tej sprawie i zadawał pytania przedstawicielom: KRS, Prokuratury Generalnej, Sejmu i resortu sprawiedliwości. W nowelizacji z 2011 r. przewidziano m.in. wprowadzenie menedżerskiego podejścia do zarządzania sądami i wzmocnienie pozycji dyrektorów sądów. Wprowadzono także zasady systemu oceniania pracy sędziów. KRS zakwestionowała też niektóre z tych przepisów - w szczególności odnoszące się do nadzoru administracyjnego ministra sprawiedliwości nad sądownictwem oraz podziału kompetencji pomiędzy prezesami a dyrektorami sądów.