Polscy biskupi nie dysponują żadnymi środkami prawnymi, by dokonać zmian personalnych w Radiu Maryja, gdyż jest ono własnością redemptorystów i dlatego mogą jedynie prosić o to przełożonych zgromadzenia - przypominają źródła kościelne. Jak się zauważa, w sytuacji gdy polscy biskupi nie mają możliwości ingerencji personalnych, jako możliwy scenariusz pozostaje wystosowanie przez Episkopat prośby o interwencję do watykańskiej kongregacji do spraw zakonów, kierowanej przez słoweńskiego kardynała Franca Rode. Kongregacja zaś jako zwierzchnik wszystkich zakonników na świecie może wydać polecenie w sprawie o. Rydzyka czy też samego radia. Jednocześnie - zauważają źródła zbliżone do zgromadzenia - polscy biskupi nie zdecydowali się na takie posunięcie, głównie z powodu braku jednomyślności w tej sprawie. Jedno ze źródeł kościelnych twierdzi wręcz, że rozważane obecnie najczęściej rozwiązanie, jakim byłoby pozostawienie sprawy Episkopatowi, w ogóle nie wchodzi w grę. Jednakże zwraca się uwagę na to, że toruńska rozgłośnia jako własność i dzieło redemptorystów jest obiektem stałego zainteresowania zarządu generalnego zgromadzenia, które w żadnym razie nie uważa, by sprawa o. Rydzyka i rozgłośni "była zamknięta". Nie należy zatem wykluczyć, że w każdej chwili, gdy zajdzie taka potrzeba, to właśnie zarząd generalny zgromadzenia w Rzymie może podjąć decyzję, dotyczącą radia i jego kierownictwa. Oficjalnie przedstawiciele zgromadzenia w Wiecznym Mieście nie chcą komentować dyskusji wokół Radia Maryja, jaką wywołało ponownie ujawnienie wystąpienia kardynała Stanisława Dziwisza. Inny, również pragnący zachować anonimowość przedstawiciel strony kościelnej dał wyraźnie do zrozumienia, że pozycja kardynała Dziwisza w Watykanie jest tak mocna, że aby doprowadzić do zaproponowanego przez siebie sposobu rozwiązania kryzysu wokół radia, metropolita krakowski mógłby napisać list do przełożonego zgromadzenia o. Josepha Tobina. W marcu zeszłego roku Stolica Apostolska w liście do polskich biskupów zwróciła się, "aby zgodnym działaniem przezwyciężali aktualne trudności spowodowane przez niektóre transmisje i stanowiska zajmowane przez Radio Maryja, które nie uwzględniają w wystarczającym stopniu słusznej autonomii sfery politycznej". Stanowcze stanowisko metropolity krakowskiego kard. Stanisława Dziwisza, zawarte w przemówieniu skierowanym do Rady Stałej Konferencji Episkopatu Polski i biskupów diecezjalnych na Jasnej Górze 25 sierpnia w sprawie Radia Maryja, w którym kardynał domagał się m.in. zmiany zarządu Radia Maryja i TV Trwam, mogło być m.in. odpowiedzią na list Stolicy Apostolskiej w sprawie tej rozgłośni. Treść przemówienia kard. Dziwisza miała być tylko wewnętrzną sprawą biskupów, a problemy poruszone w przemówieniu kardynała miały stanowić materiał do dalszej dyskusji na zebraniu plenarnym Konferencji Episkopatu Polski. Na początku października - drogą nieoficjalną - treść ta przedostała się jednak do niektórych mediów ("Tygodnik Powszechny", "Rzeczpospolita"), wywołując wiele komentarzy i emocji zarówno wśród hierarchów, jak i polityków. Sytuacja ta może poważnie trudnić dalsze prace związane z Radiem Maryja oraz przygotowywanego przez Episkopat listu do generała redemptorystów. Kardynał Dziwisz w przemówieniu, skierowanym do biskupów diecezjalnych podczas obrad na Jasnej Górze, podkreślił, że jedność jest racją stanu Kościoła, a Radio Maryja jej nie buduje, lecz przeciwnie, jest elementem rozgrywek politycznych i społecznych, wywołuje problemy narodowościowe. Opowiedział się za zmianą zarządów: Radia Maryja i Telewizji Trwam. Sekretariat Stanu Stolicy Apostolskiej w piśmie z 21 marca 2006, skierowanym do Nuncjatury Apostolskiej w Polsce zauważa, że "uciążliwą sprawą Radia Maryja z pełną uwagą i stanowczością powinni się zająć: biskup toruński (gdzie radio ma siedzibę), władze zakonne Zgromadzenia Ojców Redemptorystów oraz Konferencja Episkopatu Polski (KEP)". Pismo zawiera też przypomnienie - ze strony Stolicy Apostolskiej - podstawowej zasady "odpowiedzialności Konferencji Episkopatu za działalność duszpasterską katolickich środków społecznego przekazu o zasięgu krajowym, nawet jeśli są one własnością zgromadzenia zakonnego".