Do końca pierwszego tysiąclecia jeszcze 20 papieży dostąpiło wyniesienia do chwały ołtarza. Ponadto tradycja kościelna uznaje wszystkich 31 pierwszych biskupów Rzymu, do edyktu mediolańskiego z 313 r., za męczenników. Edykt Konstantyna położył kres prześladowaniom chrześcijan i odtąd chrześcijaństwo stało się religią równoprawną. Wkrótce (w 380 r.) uznane zostało za religię panującą. Jednym z najwybitniejszych papieży był Grzegorz I, zwany Wielkim, zaliczony do grona doktorów Kościoła; jego reformator, pierwszy zakonnik na Stolicy Piotrowej, zasiadał na niej od 3 września 590 do śmierci w 604 r. Według tradycji miał uporządkować i usystematyzować śpiew liturgiczny. W ten sposób powstał chorał od jego imienia nazywany gregoriańskim. Papież ten skodyfikował również ostatecznie Kanon rzymski (najważniejsza część mszy) i wprowadził odmawianie modlitwy "Ojcze nasz" po Kanonie. W roku 600 wprowadził łacinę jako jedyny język liturgii Kościoła zachodniego. W swoich dziełach wypracował spójną doktrynę moralną wraz z dogmatyką. Kościół zawdzięcza mu także msze gregoriańskie i rozwój wiary w czyściec i wstawiennictwo. Msze takie, nazywane potocznie gregoriankami, to 30 mszy odprawianych codziennie przez kolejne dni w intencji darowania zmarłemu kar czyśćcowych. Wśród świętych pierwszego tysiąclecia znalazły się też inne wybitne postaci, jak np. Marcin I (649-55) - uprowadzony z Rzymu na rozkaz cesarza bizantyjskiego Konstansa i zamęczony w Chersonezie na Krymie - oraz św. Mikołaj I Wielki (858-67), którego krótki ponty?kat trwale zmienił papiestwo. W dzień po wyborze jako pierwszy z papieży Mikołaj I Wielki został koronowany tiarą (potrójną koroną), będącą symbolem papieskiej władzy duchowej, ziemskiej i nad czyśćcem (z tiary zrezygnował dopiero Paweł VI w 1965 r.). To Mikołaj I sformułował twierdzenie, że papież jest następcą Chrystusa na Ziemi i zwierzchnikiem Kościoła, niepodlegającym sądowi. W obronie Kościoła rzucił na szalę cały swój autorytet. Sprzeciwił się rozwodowi najpotężniejszego władcy ówczesnej Europy, prawnuka cesarza Karola Wielkiego, Lotara II, który na krótko zjednoczył chrześcijańską Europę. Rozpustnemu królowi, który chciał poślubić swoją nałożnicę, papież zagroził klątwą, a przekupnych biskupów, którzy na synodach unieważnili małżeństwo Lotara, pousuwał z urzędów. Przeciwko prymatowi biskupa Rzymu wystąpił w Konstantynopolu patriarcha Focjusz, wielki teolog Wschodu. W sporze Mikołaja z Focjuszem odżyła też kwestia "filioque" (łac. "i Syna", dotycząca dodania do credo słów o tym, że w Trójcy Świętej Duch pochodzi od Ojca i Syna). Przyczyniła się ona do rozłamu w Kościele powszechnym i zarysowała odmienne koncepcje antropologiczne między katolicyzmem a prawosławiem, znajdujące swój wyraz po dziś w myśli politycznej Zachodu i Rosji, a dotyczące kategorii osoby i indywidualności, a poprzez nie - idei państwa. W drugim tysiącleciu wypracowano bardziej rygorystyczne i sztywne zasady ogłaszania świętości, a w XVII w. wprowadzono obowiązujące do dzisiaj dwa szczeble proceduralne: beatyfikację i kanonizację. Odtąd liczba świętych papieży znacznie zmalała. Pierwszym biskupem Rzymu ogłoszonym świętym w drugim tysiącleciu był Leon IX (1049-54), po nim Grzegorz VII (1073-85). Następnym był dopiero w końcu XIII w. Celestyn V - pierwszy i do czasu decyzji Benedykta XVI jedyny papież, który ustąpił z urzędu. Do końca minionego tysiąclecia kanonizowano ponadto jeszcze dwóch papieży: Piusa V (1566-72), wielkiego reformatora Kurii Rzymskiej i głównego realizatora Soboru Trydenckiego, który wypracował zasady kontrreformacji. W XX wieku świętym został ogłoszony Pius X (1903-14), apostoł Eucharystii i gorący obrońca czystości wiary, a błogosławionymi: Pius IX (1846-78) i Jan XXIII (1958-63) oraz Jan Paweł II (1920-2005). Pius X był zdecydowanym przeciwnikiem modernizmu. Wyraz temu dał w 1907 roku, podpisując dekret "Lamentabili sane exitu" (Do opłakanych w istocie następstw) i wydając encyklikę "Pascendi Dominici Gregis" (Pasąc owce pańskie). Ideały modernistyczne uznał za "syntezę wszystkich herezji". W 1910 roku wprowadził obowiązek składania przez kandydatów na wyższych duchownych i nauczycieli w seminariach przysięgi antymodernistycznej (zniesionej w 1967 r.). Mowa w niej m.in. o nieomylności Urzędu Nauczycielskiego Kościoła, jak i o tym, że "wiara nie jest ślepym uczuciem religijnym, wyłaniającym się z głębin podświadomości pod wpływem serca". Podjął także reformę Kurii, zmniejszając liczbę kongregacji, i scentralizował administrację oraz powołał komisję kodyfikacyjną prawa kanonicznego. Niektóre źródła podają, że przyszły patron Bractwa Kapłańskiego miał polskie korzenie ze strony ojca. Oficjalna watykańska genealogia Giuseppe Melchiorre Sarto mówi jednak o dziadku Giuseppem Sarto, właścicielu ziemskim.