Jak powiedział, śledztwo nie wykazało, by doszło do przestępstwa przekroczenia uprawnień przez funkcjonariuszy publicznych z ministerstwa kultury przez przyznanie dotacji rzekomemu "podmiotowi nieuprawnionemu", tj. archidiecezji warszawskiej. Minister działał na podstawie odpowiedniego rozporządzenia - uznała prokuratura. Prokurator podkreślił, że dotacja przeznaczona była nie na budowę kościoła, ale na "przedsięwzięcie ze sfery kultury polegające na adaptacji nieruchomości na cele działalności kulturalnej i edukacyjnej, w formie muzeum ukazującego wkład Kościoła w dzieje Polski". Nowak przyznał, że faktury wystawiała archidiecezja - co wynika z faktu, że to ona jest generalnym inwestorem całości. Dodał, że na fakturach widniało wyraźnie, że chodzi o część muzealną. Decyzja jest nieprawomocna. Śledztwo wszczęto w lutym. Media informowały wtedy, że ministerstwo kultury przyznało dotację 6 mln zł na budowę ekspozycji głównej w muzeum Jana Pawła II i Prymasa Wyszyńskiego, które powstaje pod kopułą Świątyni Opatrzności Bożej. SLD złożył wtedy zawiadomienie do prokuratora generalnego. Zbadania sprawy przez prokuraturę chciał także Twój Ruch. Zdrojewski zaprzeczał wówczas, by dotacja była sprzeczna z prawem. Prokuratura dostała w sumie kilka doniesień, w których domagano się zbadania łącznej kwoty 44 mln zł dotacji: 30 mln zł w 2008 r.; 4 mln zł - w 2012; 4 mln zł - w 2013 i 6 mln zł w tym roku. Autorzy doniesień powoływali się m.in. na ustalenia NIK. Jak podawała "Gazeta Wyborcza", w wystąpieniu pokontrolnym z 2012 r. NIK wytknęła resortowi kultury, że rozporządzenie ministra z 2005 r. o zasadach udzielania dotacji "nie przewiduje dofinansowywania zadań realizowanych przez kościelne osoby prawne". Komentując wszczęcie śledztwa, Zdrojewski wyraził zadowolenie, że "wreszcie zostanie rozstrzygnięte, czy ministerstwo może wspierać muzea będące w obszarze odpowiedzialności różnych związków wyznaniowych i z jakiego programu powinno być prowadzone finansowanie infrastruktury będącej w ich dyspozycji". - Instytucje, które nas kontrolują raz mówią, że to powinno być prowadzone bezpośrednio z budżetu państwa, innym razem - że z programów ministra, jeszcze innym - że z rezerwy budżetowej. Chciałbym wreszcie się dowiedzieć, na czym w tej kwestii stoimy - dodał.