Za nowelizacją głosowało 390 posłów, przeciw było 50, od głosu wstrzymało się trzech. Teraz nowelizacja trafi do Senatu. Przed głosowaniem w czwartek posłowie krótko debatowali nad proponowaną nowelizacją. Za jej przyjęciem opwiedziały się kluby PO, PiS i PSL. Głosowanie przeciw zapowiedziały SLD i Koło DKP-SD. Jan Widacki (Koło DKP-SD) zaznaczył, że nikt nie neguje krzywd, których doznał Kościół w czasach PRL, ale ich naprawienie powinno odbywać się w drodze procedury sądowej. Dodał, że po uchwaleniu nowelizacji Trybunał Konstytucyjny będzie miał podstawę, aby nie zajmować się wnioskami SLD i RPO dotyczacych konstytucyjności zapisów o Komisji Majątkowej. Poseł PO Jacek Krupa wskazywał, że likwidacja Komisji Majątkowej w aktualnej sytuacji jest ze wszech miar uzasadniona m.in. dlatego, że zmniejszyła się liczba wniosków do rozpatrzenia. Nowelizację przewidującą likwidację Komisji Majątkowej rząd przyjął w końcu listopada. Komisję postanowiono zlikwidować m.in. dlatego, że większość jej decyzji zapadała bez konsultacji z samorządami czy zarządcami nieruchomości. Media donosiły też, że nie weryfikowano wycen gruntów przedstawianych przez rzeczoznawców Kościoła - miały one być zaniżane. Ustawa z 17 maja 1989 r. o stosunku Państwa do Kościoła katolickiego w RP określiła zasady stosunku Państwa do Kościoła, w tym jego sytuację prawną i majątkową. Komisja Majątkowa przez ponad 20 lat działalności rozpatrywała wnioski dotyczące przywrócenia lub przekazania własności nieruchomości lub ich części. W jej 12-osobowym składzie zasiadało po sześciu przedstawicieli MSWiA i sekretariatu Konferencji Episkopatu Polski. Jak podkreślają autorzy uzasadnienia do nowelizacji, likwidacja Komisji Majątkowej spowoduje, że budżet państwa zaoszczędzi 900 tys. zł, a sądom do rozstrzygnięcia pozostanie niewiele, bo około 220 niezałatwionych w Komisji dotąd spraw. Od początku działalności Komisja rozpatrzyła ok. 2,8 tys. spraw. W projekcie zakłada się, że do zakończenia działalności Komisja przedstawi sprawozdanie MSWiA, a także Sekretariatowi KEP i Komisji Wspólnej Rządu i Episkopatu. W czerwcu warszawska prokuratura postawiła zarzuty siedmiu osobom w sprawie nieprawidłowości przy przekazaniu zakonowi elżbietanek działki w stolicy przez Komisję.