Sarkofag Sikorskiego stanął w krypcie, blisko grobowca Jana III Sobieskiego, w 1981 r. Ówczesne władze państwowe bezskutecznie zabiegały, by w setną rocznicę urodzin generała strona brytyjska zgodziła się na sprowadzenie jego prochów do Polski. Stało się to dopiero 12 lat później. Wykonany z szarozielonego marmuru sarkofag zaprojektowali Małgorzata i Janusz Gawłowscy. Ma on 240 cm długości, 115 cm szerokości i 90 cm wysokości. Sama komora, w której znajduje się podwójna trumna (metalowa schowana w drewnianej), jest nieco mniejsza. Sarkofag wykonano z marmuru ze Sławniowic, który już podczas obróbki pękł i został sklejony. Szczątki generała spoczęły w krypcie 17 września 1993 r. Podniesienie sarkofagu w związku z zaplanowaną na 25 listopada ekshumacją gen. Władysława Sikorskiego wymaga użycia specjalistycznego sprzętu i zajmie około 8 godzin. Przy montażu urządzeń i samej operacji podniesienia marmurowego bloku w krypcie św. Leonarda będzie od kilku do kilkunastu osób z firmy, której powierzono to zadanie, oraz prokuratorzy IPN. Wykluczono obecność dziennikarzy. Przebieg prac zostanie zarejestrowany, a film i zdjęcia mają być udostępnione mediom tego samego dnia. Romańska krypta św. Leonarda jest pozostałością po Katedrze Hermanowskiej, drugiej z kolei świątyni na Wzgórzu Wawelskim. Powstała przed rokiem 1118, kiedy pochowano w niej biskupa Maura. Wnętrze jest podzielone na trzy nawy, oddzielone ośmioma kolumnami, które podtrzymują krzyżowe sklepienie. W końcu XVIII w. krypta została zaadaptowana na groby królewskie. W setną rocznicę odsieczy wiedeńskiej w 1783 r., z polecenia króla Stanisława Augusta, wykonano marmurowy sarkofag Jana III Sobieskiego, który wstawiono do krypty. W 1817 r. spoczęły w tym miejscu szczątki księcia Józefa Poniatowskiego, a niespełna rok później przywódcy Insurekcji - Tadeusza Kościuszki. W krypcie św. Leonarda pochowani są także: żona Jana III Sobieskiego Maria Kazimiera i Michał Korybut Wiśniowiecki. W 1935 r. złożono tam trumnę z ciałem marszałka Józefa Piłsudskiego, która po dwóch latach - decyzją arcybiskupa krakowskiego Adama Sapiehy, wbrew woli władz państwowych - została przeniesiona do krypty pod wieżą Srebrnych Dzwonów. Konflikt zwany wawelskim zakończył się po posiedzeniu Sejmu, na którym oświadczono, że arcybiskup krakowski przeprosił prezydenta Ignacego Mościckiego. Przy znajdującym się w krypcie ołtarzu, zaprojektowanym przez francuskiego architekta Viollet-le Duca, mszę prymicyjną odprawił 2 listopada 1946 r. ks. Karol Wojtyła. Ponownie papież odprawił tam mszę 9 czerwca 1997 r.