Prezydent trzykrotnie proponował mu pracę. Zgodził się dopiero, gdy krążyły pogłoski, że stanowisko szefa Kancelarii Prezydenta będzie wolne, bo odchodzi . Wcześniej był wiceprezesem Najwyższej Izby Kontroli (m.in. za prezesury Lecha Kaczyńskiego), wiceprezesem Banku Ochrony Środowiska, prezesem Orlenu. "Kownacki to człowiek, który nie da sobie dmuchać w kaszę. Potrafi jedną ironiczną uwagą ugodzić człowieka do żywego. A poza tym jest doskonałym organizatorem pracy, więc w kancelarii wszystko będzie chodziło jak w zegarku" - mówi o byłym współpracowniku prezes NIK Jacek Jezierski. Były prezes Izby Janusz Wojciechowski wspomina, że gdy obejmował stanowisko jego poprzednik - - mówił mu, że ma dwóch zastępców, ale jednego ceni bardziej. Nie powiedział, którego ma na myśli, ale Wojciechowski domyśla się, że mówił o Kownackim. Zdaniem wieloletniej znajomej Kownackiego Doroty Safian przyjęcie pracy w Kancelarii Prezydenta to trzecia wolta Kownackiego. Pierwszą - w jej ocenia - było zbliżenie się do PiS, bo "pod pewnymi względami nie przystawał do tej partii", a drugą praca w Orlenie, bo z urzędnika stał się biznesmenem.