Obok niego oskarżonym w procesie jest lider Samoobrony Andrzej Lepper, który nie pojawił się na wtorkowej rozprawie. Proces toczy się przed piotrkowskim sądem od maja ub. roku za zamkniętymi drzwiami. W ostatnich miesiącach wielokrotnie rozprawy były odwoływane ze względu na zły stan zdrowia Łyżwińskiego i jego nieobecność w sądzie. Oskarżony wiele razy twierdził, że źle znosi transport z aresztu do sądu. Ponieważ proces przedłużał się, sąd postanowił zwrócić się do dyrektora aresztu z prośbą, by kilka kolejnych rozpraw mogło się odbyć na jego terenie, aby oskarżony mógł złożyć wyjaśnienia. Za każdym razem zgodę na uczestniczenie b. posła w rozprawie musi wydać też więzienny lekarz. Według informacji, sąd zakończył już przesłuchanie świadków zarówno obrony, jak i oskarżenia. Obecnie odczytywane są dokumenty z akt sprawy, m.in. opinie biegłych. Później wyjaśnienia mają składać oskarżeni, którzy zadeklarowali to na początku procesu. Sąd chce jak najszybciej zakończyć proces. Na listopad wyznaczono kilka dodatkowych terminów rozpraw; ustalono również już terminy grudniowe. Stanisław Łyżwiński oskarżony jest m.in. o zgwałcenie kobiety, Andrzej Lepper o żądanie i przyjmowanie korzyści o charakterze seksualnym od działaczek Samoobrony. Lepperowi grozi kara do ośmiu, a Łyżwińskiemu, który przebywa w areszcie, do 10 lat więzienia. Obaj nie przyznają się do winy. "Seksaferę" w Samoobronie ujawniła w grudniu 2006 r. "Gazeta Wyborcza", opierając się na relacji Anety Krawczyk - b. radnej Samoobrony w łódzkim sejmiku i b. dyrektor biura poselskiego Łyżwińskiego. Kobieta utrzymuje, że pracę w partii dostała za usługi seksualne świadczone Łyżwińskiemu i Lepperowi.