Według dokumentów z Instytutu Pamięci Narodowej, TW "Henryk" miał podpisać zobowiązanie do współpracy z komunistycznymi służbami bezpieczeństwa w 1977 roku. Jego przypadek został opisany w książce ks. Isakowicza-Zaleskiego "Księża wobec bezpieki", ale nazwisko tajnego współpracownika nie zostało tam rozszyfrowane. Ksiądz Zaleski zastrzegł, że zrobił wszystko, aby dane TW "Henryka" nie trafiły do wiadomości publicznej, ale później, na podstawie szczątkowych informacji, jakie zaczęły wypływać od polskich duchownych, nazwisko Nowackiego ujawnili dziennikarze.