W specjalnych wydziałach zamiejscowych pracuje dziś 132 prokuratorów. Propozycjami resortu są zszokowani, zapowiadają protesty; mogą nawet odejść z pracy. Z ustaleń RMF FM wynika, że co najmniej kilku naczelników tych wydziałów jest skonfliktowanych z prokuratorami apelacyjnymi, którym od nowego roku mają podlegać. Tutaj współpraca przy śledztwach jest raczej wykluczona. Co więcej prokuratorzy stracą też komfort niezależności. Może dojść do konfliktu interesów, ponieważ wiele spraw związanych np. z korupcją w środowisku sędziowskim i prokuratorskim na danym terenie, prowadzą właśnie prokuratorzy z tych wydziałów zamiejscowych. Zdaniem ministra sprawiedliwości Zbigniewa Ćwiąkalskiego, zmiany te będą miały jednak niewielki wpływ na skuteczność walki ze zorganizowaną przestępczością: - Wydziały biura do spraw przestępczości zorganizowanej są faktycznie w 11 prokuraturach apelacyjnych. Prokuratury apelacyjne zapewniają całą logistykę, wynagrodzenia, etaty, obsługę sekretarską, samochody. Jednak powrót do prokuratur apelacyjnych, a przede wszystkim zmiana wynagrodzeń dla prokuratorów na gorsze - chodzi o specjalne dodatki za delegacje do prokuratury krajowej - może doprowadzić do tego, że gorzej motywowani prokuratorzy będą gorzej pracować. Poza tym bezpośrednim przełożonym zostanie szef tej apelacji, który będzie miał nadzór nad prowadzonymi śledztwami i będzie mógł w nie ingerować.