W projekcie osłabiono m.in. pozycję prezesa IPN. Znacznie większą rolę będzie natomiast odgrywać specjalne, dziewięcioosobowe kolegium, w którego skład będą mogły wchodzić osoby legitymujące się co najmniej tytułem doktora habilitowanego i rekomendowane przez dwa senaty państwowych uniwersytetów. Na początku kwietnia Platforma Obywatelska zapowiedziała zmiany w IPN. Premier Donald Tusk twierdził, że Instytut w obecnym kształcie jest upolityczniony. - Nie można dopuścić do tego, żeby ktoś pisał historię naszego narodu na nowo, na zamówienie polityczne tych, którzy mają kompleksy wynikające z ich pasywności w tamtych czasach - mówił kilka tygodni temu szef polskiego rządu. Zmian w IPN domagał się również klub Lewicy. Posłowie złożyli nawet wniosek o odwołanie obecnego prezesa Instytutu, Janusza Kurtyki, w reakcji na opublikowany wówczas wywiad, w którym stwierdził on, że Aleksander Kwaśniewski był zarejestrowany jako TW "Alek".