Na początku kwietnia ubiegłego roku śledztwo smoleńskie od zlikwidowanej prokuratury wojskowej przejęła Prokuratura Krajowa. Już w czerwcu prokuratorzy poinformowali, że konieczne jest przeprowadzenie ekshumacji 83 ofiar katastrofy (wcześniej w latach 2011-2012 przeprowadzono 9 ekshumacji, decyzja o nich wynikała m.in. z wykrytych nieprawidłowości w rosyjskiej dokumentacji medycznej - PAP; cztery osoby zostały skremowane). Decyzję tę uzasadniano zarówno błędami w rosyjskiej dokumentacji medycznej i brakiem dokumentacji fotograficznej jak i tym, że Rosja nie zgodziła się na przesłuchanie rosyjskich biegłych, którzy na miejscu przeprowadzali sekcję zwłok.Ekshumacje rozpoczęły się w połowie listopada 2016 r. Pierwszych ekshumowano Lecha i Marię Kaczyńskich. Decyzje o ekshumacjach spotkały się też ze sprzeciwem części rodzin ofiar. Do Prokuratury Krajowej wpłynęły zażalenia, skargi i wnioski o uchylenie postanowień ws. ekshumacji. Prokuratura od początku stoi jednak na stanowisku, że przepisy Kodeksu postępowania karnego nie przewidują możliwości złożenia zażalenia na decyzję o ekshumacjach. Ponadto w październiku 2016 r. ponad 200 osób, członków rodzin 17 ofiar, zaapelowało w liście otwartym o powstrzymanie ekshumacji ich bliskich.