Komisja ma wątpliwości co do uzasadnienia samego projektu. Chce wyjaśnić, dlaczego w przesłanej decyzji środowiskowej ten projekt jest uzasadniony czynnikami społeczno-gospodarczymi, natomiast w liście z 14 stycznia mowa jest o kwestii bezpieczeństwa państwa. Polska powołując się na kwestię obronności wychodzi z założenia, że do przekopu Mierzei można zastosować wyjątek przewidziany w dyrektywie siedliskowej (art. 6.4), w związku z czym nie musi występować do KE o wydanie opinii środowiskowej. Komisja zdaje sobie sprawę z wrażliwości tego tematu, proponuje więc "rozmowy na poziomie technicznym", by nie upolityczniać niepotrzebnie sprawy. List jest więc skierowany do podsekretarz stanu w Ministerstwie Gospodarki Morskiej i Żeglugi Śródlądowej Anny Moskwy i zawiera szereg szczegółowych pytań. Jak ustaliła dziennikarka RMF FM, Komisja Europejska ma wątpliwości, czy przekop będzie rzeczywiście miał - jak twierdzą polskie władze - tylko "nieznaczący wpływ" na środowisko na obszarach Natura 2000. Ma także wątpliwości, czy proponowana przez polskie władze budowa sztucznej wyspy na Zalewie Wiślanym (z materiałów z przekopu i pogłębiania zalewu) jest rzeczywiście, jak twierdzą polskie władze, jedynie "środkiem minimalizującym/łagodzącym". Komisja pyta, dlaczego w poprzednich ocenach oddziaływania na środowisko budowa tej wyspy była środkiem "kompensacyjnym", a teraz nagle stała się "łagodzącym". Różnica jest istotna, gdyż w dyrektywie siedliskowej "środek minimalizujący/łagodzący" nie zakłada znaczącego wpływu na środowisko, podczas gdy "środek kompensacyjny" jest konieczny, gdy stwierdzono, że wpływ na środowisko istnieje.