Zgodnie z planowaną reformą zamiast funkcjonujących obecnie siedmiu najwyższych dowództw i inspektoratów mają funkcjonować cztery organy centralne. Wśród nich mają być dwa dowództwa: dowództwo generalne, w którego skład wejdą inspektoraty sił lądowych, powietrznych, morskich i specjalnych, ma odpowiadać za bieżące utrzymanie i przygotowania wojsk do użycia; z kolei dowództwo operacyjne ma odpowiadać za samo użycie wojska w misjach zagranicznych, w razie kryzysu lub wojny. Oba dowództwa mają kierować formacjami różnych rodzajów sił zbrojnych. Sztab Generalny ma stać się organem planistyczno-doradczym, a nie dowódczym. Za logistykę jak do tej pory ma odpowiadać Inspektorat Wsparcia, któremu mają podlegać jednostki niewchodzące do struktur rodzajów sił zbrojnych, w tym wojskowa służba zdrowia. Szef Sztabu Generalnego, dowódca generalny i dowódca operacyjny mają podlegać bezpośrednio ministrowi obrony. Generałowie mianowani na te stanowiska przez prezydenta - podobnie jak do tej pory - będą pełnić funkcję przez maksymalnie dwie trzyletnie kadencje. Struktury dowodzenia mają być takie same w czasie pokoju i wojny. Na wniosek premiera prezydent - nie czekając na sytuację kryzysową - będzie mógł wskazać osobę przewidzianą do mianowania na stanowisko naczelnego dowódcy na czas wojny. Najprawdopodobniej będzie nim dowódca operacyjny. Szef MON Tomasz Siemoniak wielokrotnie powtarzał, że nowe struktury dowodzenia mają być mniejsze od obecnych, a wolne etaty mają zostać przesunięte poza Warszawę. W ocenie skutków regulacji napisano, że w 2014 r. w wyniku reformy 450 żołnierzy może zrezygnować z nowych stanowisk i w konsekwencji zostać zwolnionych ze służby. MON zaznaczył też, że prawie 2,3 tys. żołnierzy, którzy mają znaleźć zatrudnienie w nowo powstałych strukturach, może nie skorzystać z propozycji przydzielenia nowych obowiązków. Opublikowany w ubiegły piątek przez Rządowe Centrum Legislacji projekt zmian w przepisach w porównaniu z założeniami, które rząd przyjął na początku grudnia 2012 r., czyni szefa SG WP jedynym reprezentantem Wojska Polskiego w strukturach międzynarodowych; wcześniej zakładano, że takie prawo będzie miał również dowódca generalny. Projekt przewiduje zmiany w 10 ustawach, m.in. o urzędzie ministra obrony narodowej i o powszechnym obowiązku obrony. Nowe przepisy mają wejść w życie od początku 2014 r. Jak podkreślają BBN i MON, do przeprowadzenia zmian w systemie dowodzenia nie są konieczne zmiany w konstytucji (stanowi ona, że prezydent mianuje szefa Sztabu Generalnego i dowódców rodzajów sił zbrojnych). Wątpliwości co do konstytucyjności projektu podnosili w ub.roku posłowie PiS. Zmiany w systemie kierowania i dowodzenia siłami zbrojnymi zainicjował w 2011 r. prezydent Bronisław Komorowski (na ich potrzebę wskazywał już przeprowadzony w latach 2005-07 Strategiczny Przegląd Obronny); projekt reformy opracowano w MON przy wsparciu BBN. W połowie stycznia Siemoniak powiedział, że liczy na to, iż projekt odpowiednich zmian w przepisach trafi do Sejmu w pierwszym kwartale 2013 r.