Zgodnie z planowaną reformą zamiast funkcjonujących obecnie siedmiu najwyższych dowództw i inspektoratów mają funkcjonować cztery organy centralne. Wśród nich mają być dwa dowództwa: dowództwo generalne, w którego skład wejdą inspektoraty sił lądowych, powietrznych, morskich i specjalnych, ma odpowiadać za bieżące utrzymanie i przygotowania wojsk do użycia; z kolei dowództwo operacyjne ma odpowiadać za samo użycie wojska w misjach zagranicznych, w razie kryzysu lub wojny. Oba dowództwa mają kierować formacjami różnych rodzajów sił zbrojnych. Sztab Generalny ma stać się organem planistyczno-doradczym, a nie dowódczym. Za logistykę jak do tej pory ma odpowiadać Inspektorat Wsparcia, któremu mają podlegać jednostki niewchodzące do struktur rodzajów sił zbrojnych, w tym wojskowa służba zdrowia. Szef Sztabu Generalnego, dowódca generalny i dowódca operacyjny mają podlegać bezpośrednio ministrowi obrony. Generałowie mianowani na te stanowiska przez prezydenta - podobnie jak do tej pory - będą pełnić funkcję przez maksymalnie dwie trzyletnie kadencje. Struktury dowodzenia mają być takie same w czasie pokoju i wojny. Na wniosek premiera prezydent - nie czekając na sytuację kryzysową - będzie mógł wskazać osobę przewidzianą do mianowania na stanowisko naczelnego dowódcy na czas wojny. Najprawdopodobniej będzie nim dowódca operacyjny. Szef MON <a class="textLink" href="https://wydarzenia.interia.pl/tematy-tomasz-siemoniak,gsbi,1621" title="Tomasz Siemoniak" target="_blank">Tomasz Siemoniak</a> wielokrotnie powtarzał, że nowe struktury dowodzenia mają być mniejsze od obecnych, a wolne etaty mają zostać przesunięte poza Warszawę. W ocenie skutków regulacji napisano, że w 2014 r. w wyniku reformy 450 żołnierzy może zrezygnować z nowych stanowisk i w konsekwencji zostać zwolnionych ze służby. MON zaznaczył też, że prawie 2,3 tys. żołnierzy, którzy mają znaleźć zatrudnienie w nowo powstałych strukturach, może nie skorzystać z propozycji przydzielenia nowych obowiązków. Opublikowany w ubiegły piątek przez Rządowe Centrum Legislacji projekt zmian w przepisach w porównaniu z założeniami, które rząd przyjął na początku grudnia 2012 r., czyni szefa SG WP jedynym reprezentantem Wojska Polskiego w strukturach międzynarodowych; wcześniej zakładano, że takie prawo będzie miał również dowódca generalny. Projekt przewiduje zmiany w 10 ustawach, m.in. o urzędzie ministra obrony narodowej i o powszechnym obowiązku obrony. Nowe przepisy mają wejść w życie od początku 2014 r. Jak podkreślają BBN i MON, do przeprowadzenia zmian w systemie dowodzenia nie są konieczne zmiany w konstytucji (stanowi ona, że prezydent mianuje szefa Sztabu Generalnego i dowódców rodzajów sił zbrojnych). Wątpliwości co do konstytucyjności projektu podnosili w ub.roku posłowie PiS. Zmiany w systemie kierowania i dowodzenia siłami zbrojnymi zainicjował w 2011 r. prezydent Bronisław Komorowski (na ich potrzebę wskazywał już przeprowadzony w latach 2005-07 Strategiczny Przegląd Obronny); projekt reformy opracowano w MON przy wsparciu BBN. W połowie stycznia Siemoniak powiedział, że liczy na to, iż projekt odpowiednich zmian w przepisach trafi do Sejmu w pierwszym kwartale 2013 r.