"Ministerstwo nie zgadza się ze stwierdzeniem użytym w raporcie, że MSZ otrzymał od strony rosyjskiej jedynie telefonicznie zgodę na przelot i lądowanie rządowego samolotu w dniu 10 kwietnia 2010 roku na lotnisku w Smoleńsku oraz, że nikt z polskich urzędników nie był w posiadaniu zgody dyplomatycznej (w formie pisemnej noty) na przelot i lądowanie" - głosi komunikat MSZ. Dołączono do niego pisma szefa resortu Radosława Sikorskiego z 26 stycznia oraz 24 lutego do prezesa NIK Jacka Jezierskiego w tej sprawie. W piśmie z 26 stycznia Sikorski podkreślił, że zawarta w nocie MSZ Federacji Rosyjskiej standardowa formuła "zgoda na przelot z podaną trasą" obejmuje także zgodę na lądowanie. "Wskazywanie przez NIK, że zgoda dotyczyła jedynie przelotu, a nie lądowania, może skutkować błędnym interpretowaniem takiego stwierdzenia przez odbiorców informacji publicznej" - czytamy w piśmie szefa dyplomacji do Jezierskiego. Sikorski napisał również, że "zgoda dyplomatyczna MSZ Federacji Rosyjskiej przekazana ambasadzie w Moskwie telefonicznie w odpowiedzi na notę strony polskiej dotyczącą przelotu i lądowania i potwierdzona notą MSZ Federacji Rosyjskiej z dnia 9 kwietnia 2010 r. dotyczyła przelotów samolotów specjalnych RP na trasie Warszawa-Smoleńsk-Warszawa". Z kolei w piśmie z 24 lutego 2012 roku Sikorski zawarł informację o sposobie wykorzystania uwag i wykonania wniosków ze wstępnej wersji raportu NIK z 25 stycznia. Szef MSZ zapowiedział, że "wyniki analizy obowiązujących w MSZ procedur oraz stosowanych +dobrych praktyk+" odnośnie przygotowywania wizyt zagranicznych prezydenta i premiera "zostaną wykorzystane w pracach nad kompleksowym uregulowaniem systemu organizacji wizyt". Zadeklarował, że jego resort będzie współdziałać z innymi instytucjami na rzecz wypracowania i wdrożenia systemowych rozwiązań. MSZ podał, że 16 listopada 2011 r. wydał wytyczne w sprawie uzyskiwania zezwoleń dyplomatycznych na lot lub lot i lądowanie samolotu wykonującego lot specjalny. Szef MSZ zaznacza, że wytyczne te określają zasady postępowania przedstawicielstw dyplomatycznych RP w zakresie uzyskiwania stosownych zezwoleń dyplomatycznych. Sikorski napisał, że właściwe komórki organizacyjne MSZ będą podejmować wszelkie działania mające na celu wzmocnienie nadzoru nad wykonywaniem przez placówki zagraniczne zadań związanych z przygotowaniem wizyt zagranicznych. Minister zapewnił, że jego resort podjął działania w celu zapewnienia rzetelności dokumentowania procesu organizacyjnego i merytorycznego przygotowania wizyt. W komunikacie MSZ zaznaczyło, że jest zadowolone z pozytywnej opinii jaką Najwyższa Izba Kontroli wydała w sprawie reagowania przez resort w sytuacjach kryzysowych, zawartej w raporcie dotyczącym wizyt VIP w latach 2005-2010. Z raportu NIK o bezpieczeństwie lotów VIP w latach 2005-10 wynika, że Tu-154M nie miał prawa wykonać lotu z zamiarem lądowania w Smoleńsku 10 kwietnia 2010 roku. NIK oceniła, że choć MSZ posiadało stosowne instrukcje, procedury i zbiór dobrych praktyk w zakresie przygotowywania wizyt najważniejszych osób w państwie, to w niektórych procedurach występowały jednak luki. Zdaniem NIK uzyskiwanie zezwoleń dyplomatycznych na przeloty i lądowania nie było przez MSZ skutecznie monitorowanie. Np. przed lotem prezydenta do Smoleńska w kwietniu 2010 roku o zgodę dyplomatyczną na przelot i lądowanie wystąpiło nie MSZ, a szefostwo Służby Ruchu Lotniczego Sił Zbrojnych RP, podpisując wniosek, bez formalnej podstawy prawnej, jako "Protokół Dyplomatyczny MSZ". NIK ustaliła, że był to zwyczajowy sposób postępowania w tego rodzaju sprawach. Według NIK, przed wizytą 10 kwietnia 2010 r. informacja na temat zgody dyplomatycznej dotyczącej przelotu i lądowania została przekazana jedynie telefonicznie z MSZ Federacji Rosyjskiej do ambasady RP w Moskwie, a następnie również telefonicznie do MSZ w Warszawie. 10 kwietnia 2010 r., w czasie, gdy samolot z prezydentem RP na pokładzie wylatywał z Warszawy, nikt z polskich urzędników - jak wskazuje Izba - nie był w posiadaniu zgody dyplomatycznej (w formie pisemnej noty) na przelot i lądowanie. Jak się później okazało (już po katastrofie smoleńskiej, kiedy dokument dotarł do MSZ) zgoda dyplomatyczna dotyczyła przelotu (na trasie Warszawa - Smoleńsk - Warszawa). Nota nie zawierała odrębnej zgody na miejsce lądowania. NIK odnotowuje, że MSZ (uzupełniło) procedury uzyskiwania zgody na przelot i lądowanie w sierpniu 2010 roku. NIK zgłosiła też uwagi do MSZ w sprawie luk w procedurach związanych z przeprowadzaniem rekonesansów. Zdaniem Izby MSZ ze względu na posiadaną wiedzę i możliwości organizacyjne poza granicami kraju, powinno inicjować tego rodzaju wyjazdy w sytuacjach, gdy wizyta najważniejszych osób w państwie ma mieć miejsce w regionie o podwyższonym poziomie zagrożenia. W rzeczywistości rekonesanse przeprowadzano rzadko, choć NIK odnotowuje, że tego rodzaju rekonesans miał miejsce przed wizytami 7 i 10 kwietnia 2010 roku. NIK pozytywnie oceniła MSZ w zakresie reagowania na sytuacje kryzysowe. Ministerstwo posiadało stosowne procedury i prawidłowo reagowało na zdarzenia nadzwyczajne. NIK pozytywnie ocenia działania MSZ po zaistnieniu katastrof komunikacyjnych poza granicami kraju, w tym działania podjęte w związku z katastrofą smoleńską. NIK o wizytach VIP w latach 2005-2010