Spośród kandydatów na ministrów w nowym rządzie Sikorski budzi najwięcej zastrzeżeń prezydenta Lecha Kaczyńskiego. W trakcie negocjacji koalicyjnych Tusk radził się prof. Władysława Bartoszewskiego w sprawie obsady stanowiska szefa polskiej dyplomacji. Lider PO powiedział później dziennikarzom, że Bartoszewski "gorąco polecał kandydaturę Sikorskiego i na MON, i na MSZ, bo to człowiek rzeczywiście wykwalifikowany". Tymczasem ustępujący premier Jarosław Kaczyński i prezydent Lech Kaczyński nie szczędzą Sikorskiemu krytyki. "Zdrajca" - tak Sikorskiego określił szef MON Aleksander Szczygło w wywiadzie dla dziennika "Polska" na początku listopada. Tajemniczo zabrzmiała zapowiedź prezydenta w sprawie przekazania Tuskowi informacji dotyczących Sikorskiego. W opublikowanej 31 października rozmowie z "Rzeczpospolitą" Lech Kaczyński powiedział, przekaże Tuskowi fakty o Sikorskim, z których "część jest objęta tajemnicą państwową". Do spotkania Tuska z prezydentem doszło 6 listopada. Po tej rozmowie Tusk zadeklarował, że informacje L. Kaczyńskiego nie naruszyły jego wiary w Sikorskiego. Uznał je za subiektywne opinie. Kancelaria Prezydenta odpowiedziała, że są także inne informacje, ale "ze względu na ich ściśle tajny charakter" Tusk zapozna się z nimi dopiero, gdy uzyska dostęp do takich informacji. Z kolei premier Jarosław Kaczyński mówił w wywiadzie dla dziennika "Polska" (12 listopada), że informacje dotyczące Sikorskiego zagrażają interesowi państwa. Już wcześniej krytykował Sikorskiego za "arcynieprofesjonalną" wizytę w USA oraz za to, że - jak mówił premier we wrześniu w Polskim Radiu - "chciał ludzi, którzy mieli patenty szkół GRU czy KGB, robić wysokimi dowódcami wojskowymi". Antoni Macierewicz, były już szef kontrwywiadu wojskowego, ujawnił w listopadzie, że złożył do prokuratury wojskowej zawiadomienie o przestępstwie naruszenia tajemnicy państwowej przez Sikorskiego. Jak mówił, powodem jest to, co sam Sikorski mówił w mediach o swych rozmowach z najwyższymi osobami w państwie, w tym z prezydentem, na temat Afganistanu. Według Sikorskiego, może chodzić o "wyśmianie" przezeń informacji od Macierewicza, jakoby Afganistan i jego armia były pod kontrolą Rosji. W środę prokuratura Okręgowa w Warszawie wszczęła z doniesienia Macierewicza postępowanie sprawdzające w sprawie domniemanego ujawnienia tajemnicy państwowej przez Sikorskiego. W wyborach parlamentarnych 21 października Sikorski startował z pierwszego miejsca listy PO w Bydgoszczy. We wrześniu, gdy tłumaczył powody dołączenia do Platformy, mówił, że zawiódł się na Jarosławie Kaczyńskim. Przekonywał, że on sam się nie zmienił i "nadal chce Polski silnej w Europie, nowoczesnej, uczciwej", ale uważa, że "tę wizję najlepiej zrealizuje Platforma Obywatelska". W wyborach parlamentarnych 2005 r., Sikorski kandydował do Senatu z listy PiS. 31 października 2005 roku objął stanowisko ministra obrony w rządzie Kazimierza Marcinkiewicza. Resortem tym kierował później w gabinecie Jarosława Kaczyńskiego. W czasie, gdy był szefem MON, zrzekł się brytyjskiego obywatelstwa. Do dymisji podał się w lutym 2007 roku. Już wówczas media spekulowały, że jednym z powodów dymisji był konflikt Sikorskiego z szefem Służby Kontrwywiadu Wojskowego Antonim Macierewiczem. Kulisy odejścia z MON Sikorski ujawnił w swojej książce "Strefa zdekomunizowana", która ukazała się na początku października. Zamieszczono w niej kopię wniosku o odwołanie Macierewicza, który Sikorski, 23 stycznia tego roku, na dwa tygodnie przed swoim odwołaniem, skierował do premiera Jarosława Kaczyńskiego. We wniosku Sikorski napisał, że utracił zaufanie do Macierewicza, jeśli chodzi o jego zdolność zapewnienia wojsku ochrony kontrwywiadowczej, zwłaszcza w kontekście rozpoczynającej się wtedy misji polskich żołnierzy w Afganistanie, dlatego nie może dłużej ponosić konstytucyjnej odpowiedzialności za jego działania. - Informacje i raporty przekazywane przez SKW oceniane są przez siły zbrojne jako amatorskie, formułujące daleko idące tezy oparte na wątłej bazie informacyjnej i wprowadzające więcej zamieszania niż rzetelniej oceny - wskazywał Sikorski we wniosku. W książce opublikowano także kopię pisemnej nagany, jakiej Sikorski udzielił Macierewiczowi w związku z jego wypowiedzią na antenie telewizji "Trwam", jakoby większość ministrów spraw zagranicznych po 1989 r. była agentami sowieckich służb specjalnych.