Rada IPN ocenia, że poselski projekt istotnie ogranicza niezależność tej instytucji. Przedstawiciele władz IPN za szczególnie niepokojące uważają likwidację publicznego konkursu na prezesa Instytutu oraz pozbawienie środowisk akademickich, sędziowskich i prokuratorskich wpływu na skład Kolegium IPN. Ponadto, jak zaznacza Rada IPN w oficjalnym stanowisku, jej wątpliwości budzi propozycja połączenia Instytutu z Radą Ochrony Pamięci Walk i Męczeństwa. Jej zdaniem zmieni to cele, dla których został powołany IPN, a także - w skutek przyznania mu kolejnych zadań - będzie miało negatywny wpływ na poziom opieki nad cmentarzami i miejscami pamięci.Rada pozytywnie ocenia jednak propozycję likwidacji zbioru zastrzeżonego w archiwum IPN, jednak dodaje, że wymaga ona dopracowania.Według poselskiego projektu kandydata na prezesa IPN będzie mogło zgłaszać 115 posłów, a nie, jak dotychczas, Rada IPN. Zlikwidowany zostanie zbiór zastrzeżony, a Radę IPN zastąpi Kolegium IPN, wybierane przez Sejm. Do Instytutu zostanie też włączona Rada Ochrony Pamięci Walk i Męczeństwa.