Prowadzone od sierpnia 2008 r. w Warszawie tajne śledztwo w sprawie domniemanych więzień CIA w Polsce w połowie lutego 2012 r. przekazano do Prokuratury Apelacyjnej w Krakowie. Prokuratura bada, czy była zgoda polskich władz na stworzenie w Polsce tajnych więzień CIA w latach 2002-03 i czy ktoś z polskich władz nie przekroczył uprawnień, godząc się na tortury, jakim w punkcie zatrzymań CIA w Polsce mieli być poddawani podejrzewani o terroryzm. W śledztwie zarzuty przedstawiono jednej osobie, będącej funkcjonariuszem publicznym; oficjalnie potwierdziła to krakowska prokuratura po styczniowej publikacji "Washington Post" o tym, że polska prokuratura wydała nakazy aresztowania agentów CIA oraz że amerykańscy agenci przekazali w 2003 r. Agencji Wywiadu 15 mln dolarów za współpracę przy tajnych więzieniach. Nie wiadomo ani kto ma zarzuty, ani kiedy zostały one postawione. W marcu 2012 r. "Gazeta Wyborcza" napisała, że b. szefowi Agencji Wywiadu Zbigniewowi Siemiątkowskiemu Prokuratura Apelacyjna w Warszawie postawiła w styczniu 2012 r. zarzut ws. więzień CIA w Polsce. Według gazety chodziło o przekroczenie uprawnień oraz naruszenie prawa międzynarodowego poprzez "bezprawne pozbawienie wolności" i "stosowanie kar cielesnych" wobec jeńców wojennych. Według "GW" podobne zarzuty miały być postawione zastępcy Siemiątkowskiego płk. Andrzejowi Derlatce, który bezpośrednio odpowiadał za współpracę z Amerykanami. Status pokrzywdzonych w śledztwie mają trzy osoby twierdzące, że były przetrzymywane także w Polsce - Saudyjczyk Abd al-Rahim al-Nashiri, Palestyńczyk Abu Zubaida i Jemeńczyk Walid bin Attash. Domniemanie, że w Polsce - i w kilku innych krajach europejskich - mogły być tajne więzienia CIA, wysunęła w 2005 r. organizacja Human Rights Watch. Według niej takie więzienie w Polsce miało się znajdować na terenie szkoły wywiadu w Kiejkutach lub w pobliżu wojskowego lotniska w Szymanach na Mazurach. Polscy politycy różnych opcji politycznych wielokrotnie zaprzeczali, by takie więzienia w Polsce istniały.