Naukowcy, którzy wchodzą w skład powołanej w lutym 2016 r. podkomisji do ponownego zbadania katastrofy smoleńskiej, a wcześniej wspierali parlamentarny zespół smoleński kierowany przez obecnego szefa MON Antoniego Macierewicza, niejednokrotnie mówili, że zapisy ATM QAR mogły zostać sfałszowane przez Komisję Badania Wypadków Lotniczych Lotnictwa Państwowego (KBWLLP), którą kierował ówczesny szef MSWiA Jerzy Miller. Pół roku po tym, jak szef MON powołał podkomisję, jej członkowie skierowali w tej sprawie zawiadomienie do prokuratury. "Podkomisja do Ponownego Zbadania Katastrofy Lotniczej (...) skierowała do Prokuratury Krajowej w dniu 12 sierpnia 2016 r. zawiadomienie w sprawie podejrzenia sfałszowania danych zapisanych przez rejestrator ATM QAR" - poinformował sekretariat podkomisji w odpowiedzi na pytanie PAP o złożone do tej pory w prokuraturze zawiadomienia. Z odpowiedzi wynika, że jest to jedyna sprawa skierowana do prokuratury. Jednocześnie podkomisja wyjaśniła, że zawiadomienie powstało "w związku z ujawnieniem się nowej okoliczności, jaką było odnalezienie w archiwach KBWL LP dokumentów potwierdzających okoliczność, że odczyt polskiego rejestratora ATM QAR kończy się o godz. 8:41.05" czasu warszawskiego. Komisja Millera korzystała z danych do godz. 8.41:02,5, bo wtedy - jak napisano w ekspertyzie producenta - kończą się "ostatnie poprawne dane". Jednak zdaniem podkomisji "w przypadku polskiego rejestratora ATM QAR, zachodziło duże prawdopodobieństwo zamierzonego działania w celu zniekształcenia zapisów parametrów". Jak poinformował PAP prokurator Maciej Kujawski z zespołu prasowego Prokuratury Krajowej, ten wątek badany jest w ramach głównego śledztwa dot. katastrofy smoleńskiej.Ani podkomisja, ani prokuratura nie podały bliższych szczegółów na temat zawiadomienia i jego badania przez śledczych. Podkomisja wyjaśniła jedynie, że jej badania mają na celu poznanie okoliczności katastrofy smoleńskiej i do czasu zakończenia badań jest za wcześnie, by formułować ostateczne konkluzje, "które mogłyby skutkować stawianiem zarzutów konkretnym osobom przez uprawnione do tego instytucje". Katastrofę samolotu przetrwały dwa rosyjskie rejestratory parametrów lotu - katastroficzny MŁP-14-5 i eksploatacyjny KBN-1-1 oraz jeden polski - eksploatacyjny ATM QAR, a także magnetofon pokładowy MARS-BM. W połowie września 2016 r. obecny p.o. przewodniczący podkomisji dr Kazimierz Nowaczyk powiedział, że z polskiej "czarnej skrzynki" wycięto ok. 3 sekund nagrania, a z rosyjskiej - ok. 5 sekund. Kilka dni później media donosiły, że do prokuratury wpłynęło zawiadomienie dotyczące nieprawidłowości w odczytaniu czarnych skrzynek Tu-154M. W lutym 2016 r. w uzasadnieniu powołania podkomisji do ponownego zbadania katastrofy smoleńskiej napisało, że pełen, odtworzony w kwietniu 2010 r., zapis polskiej czarnej skrzynki ATM QAR jest dłuży od analizowanego i opublikowanego przez komisję Millera. Przed rokiem w wywiadzie dla PAP Nowaczyk kwestionował sformułowanie o tym, że ostatnie poprawne dane kończą się o godz. 8.41:02,5 przyjęte przez komisję Millera za ekspertyzą producenta. "W profesjonalnym raporcie podaje się taki przebieg lotu, jaki się uzyskało z rejestratorów, i ewentualnie pisze się, że coś jest nieprawidłowe i dlaczego, a w raporcie komisji Millera nigdzie nie podano całkowitego zapisu ATM! Podano od razu z fragmentem zastąpionym zapisem z rosyjskiego rejestratora. To jest zafałszowanie danych" - powiedział Nowaczyk. "Ten jeden fakt powinien spowodować, że raport Millera można podrzeć. W raporcie można znaleźć tylko i wyłącznie odczyt ATM, który się kończy o 8:41:02 i potem jest - nawet niewyróżniony w żaden sposób - odczyt z MŁP. I to jest nazywane raportem z odczytu polskiej czarnej skrzynki ATM QAR" - dodał. W ekspertyzie dołączonej do raportu komisji Millera polska firma ATM, producent rejestratora, napisała: "Ostatnie poprawne dane kończą się o godzinie 8:41:02,5. Algorytm kompresji wbudowany w rejestratory serii ATM-QAR/R128ENC powoduje opóźnienie zapisu o około 1,5 sekundy, dlatego podjęto próbę uzyskania brakującej 1,5 sekundy zapisu z innego rejestratora". Tym rejestratorem był rosyjski MŁP-14-5.Dr Maciej Lasek, członek komisji Millera, a później szef zespołu, który przypominał jej ustalenia, wiele razy publicznie wyjaśniał, że uzupełnienie zapisu polskiego rejestratora ATM QAR o dwie sekundy danych z nagrania urządzenia rosyjskiego nie miało na celu manipulacji. Chodziło bowiem o to, że dane z ostatniej 1,5 sekundy nie nagrały się wcale (zabrakło czasu na buforowanie i szyfrowanie), a w przypadku kolejnej pół sekundy nie było pewności, czy dane prawidłowo się zapisały w momencie odcięcia napięcia. Lasek zwracał też uwagę, że ATM QAR to rejestrator eksploatacyjny (ang. Quick Access Recorder - rejestrator szybkiego dostępu), a nie katastroficzny, więc można było go skonstruować tak, że dane zapisywały się z opóźnieniem. W rejestratorach katastroficznych, które są certyfikowane do odtwarzania przebiegu katastrofy, nie stosuje się buforowania danych przed zapisem, zapis jest bezpośredni. Rafał Lesiecki (PAP)